الجامع وسط المدينة شرقي المستنصرية، ويقال إنه نفس جامع القصر الذي شيده الخليفة المكتفى الذي حكم من عام ٢٨٩ إلى عام ٢٩٥ هـ (٩٠٢ - ٩٠٧ م). وهو من أهم مساجد المدينة (Le Strange: كتابه المذكور، ص ٥٢٢ وما بعدها).
ووصل هولاكو وجنوده من المغول والترك إلى أسوار بغداد في المحرم من عام ٦٥٦ هـ (يناير ١٢٥٨ م) وفي الرابع من صفر (١٠ فبراير) وجد المستعصم آخر خلفاء بنى العباس نفسه مضطرًا إلى التسليم دون قيد ولا شرط. وقتل بعد ذلك بعشرة أيام هو وأفراد كثيرون من أهل بيته بينما نهبت المدينة وأحرقت، ولكنها لم تخرب بأسرها كغيرها من المدن التي فتحها هولاكو، لأنه كان يريد أن يتخذ منها عاصمة له، فنجده على العكس من ذلك قد أمر بترميم عدد من العمائر التي أصابها التخريب أكثر من سواها، مثل جامع القصر الذي سلفت الإشارة إليه.
ولما كنا لا نستطيع أن نفصّل القول في تاريخ بغداد هنذ فتحها المغول فسنقتصر على المعالم البارزة منه: كانت المدينة حتى عام ٧٤٠ هـ (١٣٣٩ - ١٣٤٠ م) تابعة للمملكة الإيلخانية أو الهولاكية وجعلت حاضرة للعراق العربي. وفي هذا العهد زارها الرحالة المشهور ابن بطوطة عام ٧٢٧ هـ (١٣٢٧ م) ومما يدعو إلى الأسف أن وصفه لها مأخوذ في جملته من ابن جبير (رحلة ابن بطوطة، طبعة باريس، جـ ٢، ص ١٠٠ وما بعدها). ويرجع وصف حمد الله مستوفى إلى هذا العهد أيضًا، أي إلى عام ٧٤٠ هـ (١٣٣٩ م). وفي عام ٧٤٠ هـ ظهر حسن بزرك واستقل بالأمر فيها وأسس الدولة الجلائرية، وقام بتشييد مدرسة تم بناؤها في عهد ولده أونس، ولعل هذا كان عام ٧٥٨ هـ (١٣٥٧ م)، وسميت المرجانية نسبة إلى أمير يدعى مرجان، ولا يزال بناؤها قائمًا، وقد نشرت النقوش التي عليه: نشر نيبور جزءًا منها ونشرها كلها برشم (كتابه المذكور ص ٤٥ وما بعدها).
واستمر حكم الأسرة الجلائرية إلى عام ١٤١٠ م، وفي أيامها استولى