تيمور على بغداد مرتين؛ الأولى عام ٧٩٥ هـ (١٣٩٢ - ١٣٩٣ م) ولم يلحق المدينة هن فتحه ضرر جسيم. أما في المرة الثانية، عام ٨٠٣ هـ، (١٤١٠ م) فقد ذُبح أهلها وخرب الكثير من المساكن والمنشآت العامة. ورجع السلطان أحمد الجلائرى إلى بغداد بعد وفاة تيمور عام ٨٠٧ هـ (١٤٠٥ م) وأصلح بقدر استطاعته الأسوار التي دمرها تيمور، ولم ينقض وقت طويل حتى قتله قره يوسف أمير القطيع الأسود من التركمان عام ٨١٣ هـ (١٤١٠ م) واستولى رجاله على المدينة، وظلت في حوزتهم إلى عام ٨٧٢ هـ) (١٤٦٧ - ١٤٦٨ م) وهنالك انتزعها منهم تركمان القطيع الأبيض يقودهم أوزون حسن. وفي عام ٩١٤ هـ (١٥٠٧ - ١٥٠٨ م) غزا الشاه إسماعيل الصفوى بغداد وظلت في حوزة خلفائه إلى عام ٩٤١ هـ (١٥٣٤ م). واستعاد الشاه طهماسب المدينة للصفويين من يد ذي الفقار عام ٩٣٦ هـ (١٥٣٠ م). وكان هذا الزعيم الكردى قد جعل الخطبة باسم السلطان سليمان الأول العثمانى أمدًا وجيزًا. وفي عام ٩٤١ هـ (١٥٣٤ م) دخل السلطان سليمان الأول مدينة بغداد، وظل يحكمها منذ ذلك الوقت وال من قِبل الأتراك إلى أن طلب الثائر بكير صوباشى معونة الشاه عباس الأول الصفوى فاستولى هذا على المدينة عام ١٠٣٣ هـ (١٦٢٣ م)، ولم يكن الترك عازمين بحال من الأحوال على ترك المدينة، فاستعادوها عام ١٠٤٨ هـ (١٦٣٨ م) بقيادة السلطان مراد الرابع نفسه. وسد مراد بهذه المناسبة باب الطلسم، ورمم عدة أضرحة مثل ضريح أبي حنيفة في قرية المعظم الحديثة على الشاطئ الشرقي لدجلة شمالي بغداد، وضريح عبد القادر الجيلانى بداخلها. وفي هذا العهد هبطت بغداد إلى الدرك الأسفل، ويقول تافرنييه Tavemiei عام ١٦٥٢ إن سكانها في ذلك الحين بلغوا ١٤.٠٠٠ نسمة فقط.
وأضحت بغداد من جديد قصبة ولاية تركية يحكمها هي والبصرة وال واحد في بعض الأحيان، وقد زودنا كل من نيبور وإيوارببيان بأسماء هؤلاء