وجاء في المراجع الخاصة بالطبقات أن بهاء الدين ترك بلخ لنزاع قام بينه وبين خوارزمشاه علاء الدين محمد وفخر الدين الرازي المتوفى سنة ٦٠٦ هـ (١٢٠٩ - ١٢١٠ م) الذي كان خوارزمشاه يشمله برعايته، فلما بلغ ابنه جلال الدين خمس سنوات (أفلاكى، طبعة يازيجى، جـ ١، ص ١٦١) سنة ٦٠٩ هـ (١٢١٢ - ١٢١٣) هاجر بهاء الدين إلى المغرب. والحق أن مواعظ بهاء الدين تشمل حملات على خوارزمشاه وعلى المتكلم الذي ذكرناه أنفًا. على أن يستدل من هذا الكتاب المعهود في المواعظ على أن بهاء الدين كان في وخش بين عامي ٦٠٠ و ٦٠٧ هـ (١٢٠٣ - ١٢١١ م) وفي سمرقند سنة ٦٠٩ هـ (١٢١٢ - ١٢١٣ م)؛ انظر معارف مجموعه، طبعة فروزانفر، المقدمة، ص ٣٧، فيه ما فيه، طبعة فروزانفر نفر، ص ١٧٣). علي أنه لا شك في أن بهاء الدين عاد من سمرقند إلى بلخ، ذلك أن المراجع تذكر أن هجرته تمت من هناك. والقول بأن هذه الهجرة وقعت سنة ٦٠٩ هـ (١٢١٢ - ١٢١٣ م) هو على آية حال تاريخ مبكر جدًّا (Isl، جـ ٢٦، ص ١١٧ وما بعدها). ذلك أنه إذا أخذنا برواية أفلاكى التي تقول إنه لم يبلغ ملطية إلا سنة ٦١٤ هـ (١٢١٧ م) فإن المرء قد يذهب إلى أنه هاجر سنة ٦١٤ هـ (١٢١٧ م) أو في السنة التي قبلها. ولا يمكن أن نجزم: هل كانت مشاحنته مع خوارزمشاه ترتبط. بموقف خوارزمشاه العدائى حيال خليفة بغداد، على أن ذلك أمر محتمل. وفي سنة ٦١٦ هـ (١٢١٩ م) كان بهاء الدين في سيواس، وقضى أربع سنوات أو نحوها في آقشهر بالقرب من أرزنجان، ثم شخص إلى لارندة. والراجح أن ذلك كان سنة ٦١٩ هـ (١٢٢٢ م) وظل بها سبع سنوات. وفي لارندة قبر أم مولانا: مؤمنة خاتون (عزمى أوجى أو غلى: قره مان ده مادر مولانا جامى وتربه سى في قونيه در كيسى، جـ ٥، رقم ٥، وزوّج بهاء الدين ابنه في لارندة لجوهر خاتون بنت شرف الدين لالا.
وفي سنة ٦٢٦ هـ (١٢٢٨ م) نزحت الأسرة مستجيبة لرجاء الأمير السلجوقى علاء الدين كيقباذ إلى قونيه