الخدمة في ظل عبد الحميد فحرم غسه مدى الحياة من شغل أي منصب في ظل رجال تركية الفتاة.
على أنه لم جبر على أن يهجر نشاطه الثوري حتى إنه طرد في سبتمبر سنة ١٩٠٣ من منصبه ولم جبر على ترك النمسا. وعاد إلى جنيف ووضع كل ما يملك في سبيل إنشاء المطبعة الدولية Iprimerie Intemationale التي أصدرت في أول سبتمبر سنة ١٩٠٤ أول عدد من مجلة "اجتهاد" وهي مجلة دورية وقفت نفسها على نصرة الحرية السياسية والعقلية والدينية والاجتماعية مدة تقرب من ٣٠ عامًا. وفي السنة نفسها بدأ ينشر سلسلة عرفت باسم "كتبخانة إجتهاد" ظهر منها كثير من أعماله وظل يشرف عليها حتى وفاته.
ومن كتبه التي نشرت حوالي هذا الوقت"قفقاسياداكى مسلمًا نلره بيان نامه"، وهو دعوة إلى المسلمين في القفاس لمحاربة الحكم المطلق وأثر الروس؛ وترجمتين لأثربيرون Prisoner of Chillon وكتاب ألفييرى del: Alfieri principle e delle lettre .
وفي غضون أشهر قلائل حمل السفير التركى في باريس معه طرد جودت من سويسرا وقضى جودت مدة قصيرة في فرنسا حكمت عليه الحكومة العثمانية غيابيًا بالسجن مدى الحياة، وحرمانه من حقوقه المدنية ومصادرة أملاكه، فانتقل إلى القاهرة في أواخر سنة ١٩٠٥ وظل مقيما فيها حتى منتصف سنة ١٩١١ يعمل طبيبًا للعيون ويستمر في الوقت نفسه في نشاطه في السياسة والنشر، وانضم إلى حزب تركية الفتاة الداعى إلى اللامركزية واستمر ينشر بلا انقطاع كتيبات يهاجم فيها السلطان "ولم يهاجم البيت العثمانى إلا مدة قصيرة فحسب. وقد عدَّ جودت عبد الحميد طاغية لا سبيل إلى إصلاحه، ولم يتأثر من ثم بقبول دستور سنة ١٩٠٨، وكان جودت في هذا الشأن هو الصوت الوحيد المعارض.
وفي يولية سنة ١٩٠٩, أي بعد اعتزال السلطان، توقفت مجلة"اجتها" عن الصدور في القاهرة، وعادت إلى الظهور سنة ١٩١١ في إستانبول حيث