وقد دخل معظم أهلها فى الإسلام فى تاريخ مبكر، ولو أنهم تمردوا على السلطة المركزية عدة مرات. وكان أشهر هذه الفتن فتنة القرامطة إذ أتوا بالحجر الأسود من مكة واحتجزوه فى منطقة الأحساء عشرين عاما أو نحوها.
وجاء فى المصادر العربية التى ترجع الى أيام القرون الوسطى أن الحسا كانت فيما يقال حصن البحرين غير بعيد من هجر قصبة الإقليم القديمة. وقد أنشأ هذا الحصن القائد القرمطى المشهور أبو طاهر الجنَّابى سنة ٣١٤ هـ (١٠٥١ م) بالقرب من محلة تعرف بالحسا. وأطلق أبو طاهر على الحصن "المؤمنية". على أن الحصن والمحلة جميعا ظلا يسميان بالاسم القديم. وفى سنة ٤٤٣ هـ (١٠٥١ م) زار المنطقة ووصفها الفارسى ناصر خسرو، ولوصفه للحكومة القرمطية أهمية خاصة. وقضى آخر الأمر على سلطان القرامطة على يد أسرة من أهل الحسا هى العيونية.
وثمة آثار للفخار العباسى فى الواحة، وهذا يدل على أن الحسا كانت كثيفة العمران فى صدر العصور الإسلامية. على أنه ليس من المحتمل أن يكون البرتغاليون والفرس الذين حكموا جزيرة البحرين أو احتلوها فى القرن العاشر الهجرى (السادس عشر الميلادى) على التوالى، قد مدوا حكمهم إلى الواحة. وقد حدث فى العصور المتأخرة أن طمع وهابيو نجد والأتراك فى الواحة بفضل موقعها الجغرافى ومواردها، إلا أن أمراء بنى خالد الذين ظلوا سادة على الأحساء عدة سنين قد حاربوا فى هذه الأثناء للاحتفاظ بسيادتها لها. وسلمت الأحساء أول ما سلمت للوهابيين سنة ١٢٠٩ هـ (١٧٩٣ م) واحتل الجيش المصرى لمحمد على باشا الواحة فيما بين عامي ١٢٣٥ هـ (١٨١٩ م) و ١٢٤١ هـ (١٨٢٥ م) وتنازعها بنو خالد والوهابيون بين عام ١٢٤١ هـ (١٨٢٥ م) وعام ١٢٤٧ هـ (١٨٣٠ م) وأصبح للوهابيين اليد العليا فيها آخر الأمر، بيد أنهم اضطروا إلى التخلى عن المنطقة مدة قصيرة للمصريين سنة ١٢٥٥ هـ (١٨٣٩ م). واحتل الأتراك الواحة سنة ١٢٨٩ هـ. وجعلوا المنطقة