بيروقراطية مقصودة للعلماء، وإصلاح تدريجى فى إدارة الأزهر ومعاهده، وسيطرة مالية تفرضها الحكومة آخر الأمر على الأوقاف والممتلكات الأخرى للمؤسسات الدينية.
وفى باكورة حكمه، أنشأ محمد على مجلسًا حكوميًا هو "الديوان العالى" لمساعدته فى جميع شئون الحكومة والإدارة، ويرأس هذا المجلس نائبه "كتخدابك" الذى كانت له سلطات واسعة فى جميع أمور الحكومة. ويعد هذا المجلس الممهد لمجلس الوزراء الحديث لأنه كان حتى ١٨٧٨ يعرف بالديوان الخديوى أو ديوان المعاونة. وفى نفس الوقت شكل محمد على مجالس قائمة بذاتها لكل فرع من فروع الحكومة مثل: الجهادية والبحرية والتجارة والتعليم والأشغال العمومية والشئون الخارجية. وقامت هذه المجالس مقام الوكالات التنفيذية أو المصالح التابعة لمجلس الدولة الحكومى. وأدى اتساع المهام الحكومية إلى تكوين مجلس أعلى جديد للدولة سنة ١٨٣٤ يتكون من رؤساء المجالس القائمة بذاتها. وضم إلى عضويته العلماء وكبار التجار وأعيان المديريات. أما "مجلس المشورة" الذى أنشئ مبكرًا سنة ١٨٢٩ , فلم تكن له سوى مهام إستشارية، أسسه محمد على بنية ضم أكبر عدد من الزعماء الوطنيين والمحليين والقبليين إلى نظام حكمه.
ويعتبر قانون السياستنامه أو القانون النظامى أكثر الأشياء دلالة على تأسيس الحكومة المنظمة والإدارة المنهجية، بالإضافة إلى نجاح الحاكم فى فرض النظام العام. وفى الواقع، كان هذا إجراءًا اتخذ لإعادة تنظيم الحكومة حدد نظامها ومجال مسئوليتها ومهام كل مصلحة. فقد أعيد تنظيم الحكومة فى سبع مجالس أو مصالح أو وزارات أولية، ويسيطر "الديوان العالى" الذى أصبح "الديوان الخديوى" فيما بعد، على السلطة القضائية، وخاصة بعض الجرائم التى تقتضى حفظ النظام العام والأمن فى القاهرة، بالإضافة إلى مسئوليته عن السياسة الداخلية العامة. وكانت هناك مصلحة تشرف على الدخل من