المديريات فى مصر وكريت والسودان والأراضى الأجنبية الأخرى. كما كانت مسئولة عن دخل المكوس ولها السلطة فى تعيين مفتشى الأقاليم وغيرهم. وبالإضافة إلى مصالح الحربية والبحرية، أشرف ديوان المدارس على نظام المدارس الجديد فى الدولة ومطبعة الدولة فى بولاق وما يتصل بذلك من نشاطات. وكانت مصلحة شئون الفرنجة هى البداية لوزارة العلاقات الأجنبية والتجارة الخارجية. وأخيرًا أنشئت مصلحة المصانع التى عنيت بمشاريع الدولة الصناعية.
ومع إعادة التنظيم الشاملة تلك أنشأ محمد على "الديوان الخاص" للنظر فى المسائل السياسية العامة، ووضع التشريعات، وإصدار التوجيهات لكل مصالح الحكومة. كما كان هناك مجلس خاص فى مصلحة المالية والدخل للنظر فى مسائل السياسة المالية. وكانت إعادة تنظيم الحكومة وإصلاحها على يد محمد على، هى أول إدارة حديثة استحدثت فى البلاد. وكان لجميع مصالح الحكومة ومجالسها مهام تنفيذية صارمة، كما كانت مسئولة أمامه - وأكثر من هذا، فإن محمد على أعاد تنظيم مصالح البلاد فقسمها إلى ٧ مديريات و ٥ محافظات عين لها أول مديرين للأقاليم والنواحى باعتبارهم موظفين عموميين للحكومة المركزية. كما نظم قوة شرطة حديثة يرأسها حاكم أو مفوض يعمل تحت إمرته ضباط ينتشرون فى أرجاء البلاد كافة.
والقضاء نفسه تأثر بنظام محمد على الحديث. فبالرغم من أن هذا الميدان ظل إلى حد كبير من مهام المؤسسات الدينية ومسئوليتها، إلا أن محمد على قبيل سنة ١٨٣٠, منح سلطات قضائية لمجلس الدولة. وفى سنة ١٨٤٢, إستحدثت هيئة جديدة هى "الجمعية الحقانية" التى كانت إرهاصا بقيام مجلس إدارى الدولة، وخولها سلطة محاكمة كبار موظفى الدولة، والنظر فى المخالفات الإدارية التى تحيلها عليها مصالح الحكومة على اختلافها. كما أسس "مجلس التجارة" ليقضى فى المنازعات التجارية بين أهل البلاد بعضهم البعض وبينهم وبين الأجانب. وبهذا بدأت سلطة الحكومة العلمانية الحديثة تتعدى تدريجيًا على مجال من