وأمر بيبرس به. عادة بناء المسجد عام ١٢٦٧، وإعادة بناء المدينة عام ١٢٦٨ (المقريزى ترجمة Quatremere جـ ٢، ص ٤٨، ٥١). ولا يمكن أن تشير هذه الرواية إلا إلى بعض التعديلات المعمارية اليسيرة التي أدخلت على الحرم (Vincent: كتابه المذكور ص ١٠٩) وأدخل السلطان قلاوون أيضا (١٢٧٩ - ١٢٩٠) شيئًا من الزخرفة كما طلى الأسوار في أجزاء مختلفة من الحرم، نستدل على ذلك من النقوش التي تركها في الخليل.
ويذكر لنا مجير الدين أيضا بعض المعلومات الأخرى عن أعمال التجميل والتعديلات المعمارية التي أدخلت على بناء الضريح على يد تنكز نائب الشام وأحد معاصري أبي الفداء، فقد غطى الواجهات الأربع الداخلية للمسجد بالمرمر عام ٧٣٢ هـ الموافق ١٣٣١ - ١٣٣٢ م (انظر Z.D.P.V.: Berchem سنة ١٨٩٦ , جـ ١٩، ص ١١١ وما بعدها) وأحدث السلطان برقوق أيضا تغييرات كبيرة في الحرم بإيحاء شهاب الدين أحمد اليغمورى والي بيت المقدس والخليل وحارس الضريحين. ففي عام ٧٩٦ هـ (١٣٩٤ م) لم يكتف برقوق بإقامة محراب جديد للمالكية في مسجد النساء بل أقام أيضًا بابًا جديدًا في الجانب الغربي للكنيسة الرومية القديمة خلف قبر إبراهيم مباشرة، كما شيد بابا آخر في السور الغربيّ للحرم فيما يعرف بحائط سليمان، وهذا الباب قريب من مقام يوسف. وقد قام السلطان الناصر حسن (١٣٤٧ - ١٣٦١ م) ببناء هذا المقام علاوة على القلعة التي أقيمت في العصور الوسطى، وأصبحت فيما بعد مدرسة. ويقع مدخلها قبالة عين الطواشى. وأمر اليغمورى ببناء قبة فوق المقام شبيهة بالقباب التي فوق القبور التي في داخل الحرم. وفي عهد السلطان محمَّد الناصر (١٢٩٣ - ١٣٤١ م) شيد الأمير سنجر الجاولى عام ٧١٨ - ٧٢٠ هـ (١٣١٨ - ١٣٢٠ م)، في الجوانب الصخرية من جبل جعابرة المسجد الذي يقوم قبالة السور الشمالى الشرقى