لم يصب بأذى من جراء الزلازل منذ القرن العاشر، ويجب أن نسلم أن ذلك يرجع بصفة عامة إلى الركائز التى أقامها أواخر الأباطرة البوزنطيين والترك من بعدهم مدعمين الجوانب الأربعة من جدران ذلدُ البناء الضخم (المقام فى أرض معرضة للزلازل) مما جعله يخدم الناس مدة أطول من اْى بناء آخر شيد فى أوروبا. على أن العواصف التى تهب من البلقان أو من البحر كانت تعرض المسجد لخطر يتزايد شأنه.
وفى صيف عام ١٩٠٦ أمر وزير المعارف بإجراء إصلاحات شاملة فى بناء المكتبة التى كان يتناوب الإشراف عليها خمسة "خوجات" لكل منهم يوم من أيام الأسبوع.
وكان منظر المسجد بهيجًا فى شهر رمضان إذ يجتمع الأمراء ورجال الدولة فى صلاة العصر. أما صلاة التراويح التى تقام بعد المغرب بساعة ونصف الساعة فكان الاحتفال بها دون ذلك. وكانت القبة تضاء بمصابيح لا تحصى منتظمة فى دائرة. ويظهر المسجد فى أبهى حلة ليلة السابع والعشرين من رمضان، وهى ليلة القدر (بالتركية: قدر كيجه سي) التى أنزل فيها القرآن. وكثيرًا ما كان السلاطين الأولون يشتركون فى هذا الاحتفال، ولكن السلطان عبد الحميد كان لا يشرف بحضوره المسجد (إذا شرفه على الإطلاق) إلا فى ليلة النصف من شهر رمضان، فيركب قاربًا ليتبرك بآثار النبى بقلعة أسلافه القدامى فى زيارة قصيرة (يوم زيارت خرقهْ سعادت).
وحدث بعد الفتح مباشرة أن عمد الترك إلى القصص الكثيرة التى نمت حول أصل الكنيسة وفضلها فى الأيام الأخيرة من حكم البوزنطيين وألبسوها ثوبًا إسلاميًا. فما إن دخل محمد الفاتح القسطنطينية دخول المظفرين حتى أمر أحمد بن أحمد الجيلانى أن يكتب باللغة الفارسية تاريخًا لآياصوفيا (مكتبة آباصوفيا، رقم ٣٠٢٥) على نسق تاريخ رومي. وقد ترجم تاريخ أحمد هذا إلى التركية نعمت الله المتوفى سنة ٩٦٩ هـ (١٥٦١ - ١٥٦٢ م).