وفى ١٦ من سبتمبر سنة ١٥٠٦ مر أسطول برتغالى، كان يحمل على هرمز من سقطرى، أمام المدينة للمرة الأولى، وكان البرتغاليون يسمونها صوار Soar، وقد احتلوا المدينة والحصن أيضًا. وفى سنة ١٥٨٨ م بنوا حصنًا جديدًا رمم فى مستهل القرن السابع عشر الميلادى وأحاطوه بمحيط من عشرة أميال من أشجار الطرفاء وحقول القمح والخضروات. ولم تكن الحصيلة من الضرائب وغيرها من الدخول ذات شأن، إذ بلغت ١٥٠٠ شريفى (١) (شرافين Xerafan)؛ وهاجم ناصر بن مرشد بن سلطان اليعربى الذى كان قد استمال أتباعا فى البلدان التى فى داخل عمان، أملاك البرتغاليين فى عمان، فلم يستطع البرتغاليون الاحتفاظ إلا بمدن الساحل المحصنة؛ صحار ومسقط والطرح وقريات، على أن نفوذهم فى البر لم يكن له شأن قط فى أية حال من الأحوال؛ وقد عمد ناصر بن مرشد، فى سبيل الاستيلاء على صحار، إلى بناء حصن على الساحل، ومن ثمّ هدد المدينة؛ وقد بلغ من نجاح هذا الهجوم أن البرتغاليين لم يستطيعوا الاحتفاظ بشئ إلّا بحصن صحار كما ضاعت منهم قريات؛ واستطاعوا أن يحتفظوا بالسوق المحصنة فترة من الزمن فى مقابل جزية كانوا يؤدونها إلى الإمام، وطردوا من البلاد حوالى سنة ١٦٥٠ م، إلى غير رجعة؛ واستولى خلف بن مبارك منافس محمد بن ناصر على صحار سنة ١٧٢٤ م، ولكنه سلمها من بعد لسيف بن سلطان اليعربى. وحاصر الفرس صحار سنة ١٧٢٨ م، ذلك أنهم بعد أن غزوا مسقط منوا بالهزيمة فى صحار على يد واليها أحمد بن سعيد، ولكنهم عادوا يحاولون الاستيلاء على المدينة، بيد أن استماتة المدينة فى الدفاع عن نفسها تحت إمرة أحمد أحبطت جهودهم جميعًا.
ولا شك أن صحار قد قاست من ذلك كثيرًا، وكان البرتغاليون قبل ذلك قد قضوا على تجارتها ذات الشأن، وشاهد