تتلخص فى إنشاء قانون تمهيدى للإصلاح، يديره مجلس مؤلف من كبار علماء المذاهب الأربعة فى الأزهر (الشافعى والحنفي والمالكى والحنبلى)، ينتخبون انتخابا، على أن ينضم إليهم الإمام هو وصديقه الشيخ عبد الكريم سلمان، على إنهما من قبل الحكومة، ولا دخل لشيخ الأزهر، ولا للمجلس المرتقب فى انتخابهما, ولا فى استبدال غيرهما بهما. وكان محمد عبده يحب أن يجرى الإصلاح فى الأزهر باقتناع كبار شيوخه، ورضا أهله، لكي يتم الإصلاح دون معارضة وإثارة للحساسيات التى عطلت الإصلاح بالأزهر زمنًا طويلاً.
وكان على رأس الأزهر يومئذ الشيخ محمد الإنبابى، شيخ الأزهر، وكان مريضًا، وقد كثرت شكوى الأزهريين من سوء إدارته لشئون الأزهر، ورفعوا العرائض إلى الخديو، مفعمة بأن شيخهم عاجز عن إدارة شئونه، وغير ذلك من الطعن، وطلبوا تغيير الأوضاع، فعينت الحكومة الشيخ حسونة النواوى وكيلاً للأزهر فى ٧ من جمادى الآخرة سنة ١٣١٢ هـ بعد أن أخذت عليه العهد بإقامة النظام الجديد، والاتفاق مع الشيخ محمد عبده على الإصلاح.
وصدر الأمر العالى بتشكيل مجلس إدارة الأزهر فى ٦ من رجب ١٣١٢ هـ, وبدأت الهيئة الجديدة تعمل جاهدة فى الإصلاح المرتقب، وأهمل أمر شيخ الأزهر، الشيخ الإنبابى، فسعى العقلاء إليه لإقناعه بالاستقالة، فاستقال، بعد أن ظل متشبثا بها نحو ستة أشهر من إنشاء مجلس إدارة الأزهر. وكان مجلس إدارة الأزهر بداية عهد جديد. وقد حفلت مدة عضوية الإمام محمد عبده وصديقه عبد الكريم سلمان بإنجازات كثيرة، كان على رأسها وضع أول قانون لمرتبات علماء الأزهر. ثم وضع نظام للتدريس والامتحان بالأزهر، وبيان علوم الوسائل وعلوم المقاصد. وقد عكف الإمام محمد عبده على وضع هذا النظام. وكان مجلس إدارة الأزهر يتكون من الشيخ حسونة النواوى رئيسا، والشيخ سليم البشرى المالكى، والشيخ عبد الرحمن الشربينى الشافعى، والشيخ يوسف الحنبلى. ولم يحضر الشيخ عبد الرحمن الشوبينى