وتكررت غزوات البدو المخربة التى حدثت عام ١٢٣٣ هـ (١٨١٨ م) فى عام ١٢٥١ م (١٨٣٥ م) فدفع ذلك الإمام الناصر عام ١٢٥٣ هـ (١٨٣٦ - ١٨٣٧ م) إلى مفاوضة الباشا المصرى محمد على فى أن يبيع له صنعاء.
وسمح الإمام للقائد التركى قبر صلى توفيق باشا بدخول المدينة عام ١٢٦٥ هـ (١٨٤٩ م). وقد ذُبح جنوده فى بحر يومين؛ وفى العام التالى خلع الوالى على يد الشريف المكى محمد بن عون الذى تدخل فى الأمر، ثم أقام مقامه إمامًا منافسا له، غير أن هذا الإمام لم يستطع حماية المدينة. وأغير على صنعاء مرة أخرى فى عامى ١٢٦٧ هـ (١٨٥١ م و ١٢٦٩ هـ (١٨٥٣ م). ولما أعاد العثمانيون فتح هذه البلاد على يد مختار باشا، سقطت صنعاء عنوة عام ١٢٦٩ هـ (١٨٧١ م) وجعلت عاصمة ولاية اليمن ومقر الفرقة السابعة من الجيش العثمانى. غير أنه لم يكن قد تم التخلص من الزيدية، فقد حدث فى ربيع عام ١٩٠٥ أن اضطر العثمانيون إلى إخلاء المدينة والجهات المحيطة بها إزاء تقدم الإمام محمود يحيى بن حميد الدين. واستعاد العثمانيون صنعاء فى الخريف، على أن الأمر اقتضاهم أن ينفقوا خمس سنوات كاملة فى استعادة مركزهم المحفوف بالمخاطر. وبعد الحرب العالمية الأولى اعترف بسيادة الإمام محمود يحيى على صنعاء واليمن بمقتضى معاهدة سيفر التى أبرمت فى العاشر من شهر أغسطس عام ١٩٢٠.
وقد استطاعت صنعاء على الرغم من بعدها وتاريخها الحافل بالفتن والقلاقل أن تسهم فى الحركة العلمية الإسلامية، ففيها وضع عبيد بن شريه بقصصه التاريخية أساس شهرته التى دفعت معاوية بن أبى سفيان إلى استدعائه إلى بلاطه، كما أن زميله الأصغر وهب بن منبه الذى توفى فى صنعاء أشاد به مواطنوه باعتباره حجتهم الأولى فى القرآن الكريم. وقد زار صنعاء كثير من جامعى الأحاديث منهم: أحمد بن حنبل، ويحيى بن معين اللذان درسا على عبد الرزاق بن همام ابن نافع المتوفى فى صنعاء عام