والفاطميين فى إفريقيه، وكان هذا الصراع غالبا ما يحدث فى شمال المغرب. وقد وقعت المدينة تحت سيطرة الأمويين فى الأندلس لمدة تربو على الثلاثين عاما فيما بين ٩٨٠ - ١٠١٢ م [٣٧٠ - ٤٠٣ هـ] وتمتعت المدينة خلال تلك المدة بالازدهار.
وعندما آذنت شمس الخلافة الأموية بقرطبة بالمغيب وقعت مدينة فاس تحت سيطرة أمراء زناتة الذين كانوا على خلاف مستمر فيما بينهم وقد قاموا بإشعال نار المنافسة القديمة بين المدينتين التوأم حتى قدوم المرابطين.
إن التاريخ المعروف لدخول المرابطين فاس بقيادة يوسف بن تاشفين هو ٤٦١ هـ/ ١٠٦٩ م ولكن يرى العلامة ليفى بروفنسال (فى بحث نشر له بعد وفاته وهو خاص بتأسيس مدينة مراكش) اعتمادًا على ما ذكره البكرى أنه يجب أن نتعامل بحذر مع هذا التاريخ حيث أن تأسيس مراكش وبالتالى دخول فاس لابد وأنه كان بعد هذا التاريخ بأعوام قلائل.
ومهما يكن من أمر فإن دخول المرابطين يعد علامة هامة فى تاريخ مدينة فاس حيث أمر يوسف بن تاشفين بتوحيد المدينتين وجعلهما مدينة واحدةً صارت القاعدة الحربية الرئيسية فى شمال المغرب وعلى ذلك يعتبر يوسف بن تاشفين المؤسس الثانى لفاس فهو الذى قضى على ازدواجية المدينة وهذه الازدواجية كانت السبب الأصلى لعدم تطورها لمدة طويلة من جهة كما حدد اتجاه تطورها فى المستقبل من جهة ثانية وذلك عن طريق بناء مدينتين جديدتين فى الغرب فضلا عن بناء قلعة هامة (وهذه القلعة لم يتبق منها أى أثر)، وقد ساعد بناء تلك القلعة على ظهور أحياء جديدة فيما بينها وبين الأحياء الأصلية كذلك كان المرابطون هم المسئولون عن ازدياد أهمية الجامع الرئيسى الواقع على الضفة اليسرى وهو جامع القرويين وقد بنى هذا الجامع، على ما يبدو، فى القرن ٤ هـ/ ١٠ م وكانت مساحته صغيرة ثم قام على بن يوسف المرابطى بهدمه باستثناء [الصومعة] التى لا تزال قائمة، وبنى فى موضعه جامعا