٩١٠ هـ/ ٢٤ ديسمبر ١٥٠١ م بتهمة التآمر لاغتصاب الحكم ولكى ينادى به سلطانًا فى الشام بالتحالف مع نائب حلب المتمرد سيباى. ومن ثم اعتمد الغورى كلية على اثنين من وزرائه لم يكن يتوقع خطرًا منهما عليه وهما الزينى بركات بن موسى وكان ابنا لرجل عربى وعيّنه محتسبًا للقاهرة (شعبان ٩١٠ هـ/ يناير - فبراير ١٥٠٥ م) وصار كبير موظفى المالية فى البلاد، وقد استمر فى هذا المنصب حتى بعد الفتح العثمانى على مصر.
وفى الرابع من جمادى الآخرة ٩١٣ هـ/ ١١ أكتوبر ١٥٠٧ م، عين الغورى ابن شقيقة طومان باى دوادارًا كبيرا، ولقد كان ولاء الصفوة المختارة من المماليك موضع شك على الدوام لذلك فكثيرًا ما طالب الغورى الأمراء تأكيد تأييدهم بالقسم على مصحف عثمان، بل إن مماليكه الخاصة المعروفين بالحلبان لم يكونوا موضع ثقة فى نصر وثاروا ضده فى شوال ٩٢١ هـ/ ديسمبر ١٥١٥ م، على الرغم من أن الحرب ضد العثمانيين فى ذلك الوقت باتت وشيكة.
واجه الغورى متاعب مالية هائلة نتيجة التدهور الاقتصادى والإدارى المتراكم لفترة طويلة، وزاد الطين بلة تفاقم الكوارث الطبيعية مثل إنتشار وباء الطاعون فى ٩١٠ هـ/ ١٥٠٥ م و ٩١٩ هـ/ ١٥١٣ م ونمو القوة البحرية الأوربية فى البحرين المتوسط والأحمر وفى المحيط الهندى.
وتأخر صرف رواتب الجند؛ ومعالجة هذا بفرض ضرائب باهظة استثنائية على هذه المرتبات. كما كان الابتزاز والاغتصاب أحد الوسائل المتبعة ضد العمال المغضوب عليهم أو بعد موت الأغنياء لسد ما تقاسيه خزينة الدولة من عجز، وتزايدت متاعب دولة المماليك المالية بسبب مجهودات الغورى فى تقوية جنده وتسليحهم حتى يكونوا قادرين على مواجهة التهديد الخارجى المتزايد من البرتغاليين والشاه إسماعيل الصفوى والسلطان سليم الأول. وأعدَّ الغورى عام