وقد قام الغورى بتكوين ما عرف بالطبقة الخامسة من عناصر غير متجانسة من التركمان والفرس وأولاد الناس والحرفيين المحليين، ولكن كانت هذه الطبقة الخامسة سببًا فى توتر العلاقة بين الغورى وجلبانه، ثم قام الغورى بجهد عنيف فعال لبناء ترسانة مدفعية. فأنشأ مسابك المدافع، وجرت عادته منذ عام ٩١٣ هـ/ ١٥٠٧ م فصاعدا على حضور اختبارات القطع الجديدة.
كان سيباى نائبًا على دمشق معظم فترة حكم الغورى. خلال فترة ولايته لحلب، تمرد وخرج على الغورى فى ٩١٠ هـ/ ١٥٠٤ م - ١٥٠٥ م. ولكنه فى نهاية الأمر عقد السلام مع الغورى. والذى ولاه نيابة دمشق يوم السابع عشر من شوال ٩١١ هـ/ ١٣ مارس ١٥٠٦ م، فظل بها حتى لقى مصرعه فى مرج دابق. .
وإذا نحينا جانبًا ما قام به الغورى من حملات لتأديب البدو المحليين فإنه قام إلى جانب عملياته العسكرية هذه ضد البدو؛ بحملات ضد محمد بن الحنش "مقدم البقاع" القوى فى محرم ٩١٢ هـ/ يونية ١٥٠٦ م، وقبيلة بنى لام فى منطقة الكرك والشوبك فى صفر ٩١٤ هـ/ يونية ١٥٠٨ م وابن سعيد شيخ حوران فى ربيع الآخر ٩١٦ هـ/ يوليو ١٥١٠ م، وكان كل من قبيلة بنى لام وابن سعيد يقطع الاتصالات بالحجاز، فلما كانت سنة ٩١٧ - ٩١٨ هـ (= ١٥١١ - ١٥١٢ م) أقام الغورى مع كل من هذين علاقات ودية. وسعى الغورى لضمان استمرار ولاء سيباى له فزوج ولده من بنت سيباى سنة ٩٢٠ هـ/ ١٥١٤ م، وذلك لمواجهة نمو قوة الصفويين والعثمانيين على الحدود الشامية.
اندلعت ثورة ضد الشريف بركات أمير مكة عام ٩٠٧ هـ/ ١٥٠٧ م وتم إخمادها عام ٩١٣ هـ/ ١٥٠٧ م ثم ظهر خطر جديد ينذر بالشر تمثَّل فى البرتغاليين الذين سعوا لتأسيس قاعدة لهم على ساحل المحيط الهندى وطرد الأسطول الإسلامى من البحر الأحمر. وفى جمادى الآخرة ٩١١ هـ/ نوفمبر