وقد وقعت القيروان تحت سيطرة بنى هلال الذين قضوا على كل ما تبقى لها من مجد، ومنذ عام ٤٤٦ هـ/ ١٠٥٤ م فصاعدا تم حصار المدينة وهجرها المعز وتقهقر إلى المهدية فى ٤٤٩ هـ/ ١٠٥٧ م وبعد ذلك لم نعد نسمع الكثير عنها.
وفى نفس الوقت لعب العرب الرحل [البدو] فى المنطقة دور، على المسرح السياسى حيث حاولوا الوقوف فى وجه عبد المؤمن بن على مؤسس الدولة الموحدية التى أصبحت بالفعل صاحبة السيادة على إفريقية بأجمعها ولكنهم جنحوا إلى السلم وهزم قائدهم محرز ابن زياد الرياحى [بنو رياح] فى سنة ٥٥٦ هـ/ ١١٦١ م.
وفى سنة ٥٨٢ هـ/ ١١٨٦ - ١١٨٧ م قدم الخليفة المنصور الموحدى من مراكش للقضاء على ثورة بنى غانية، وتحرك من تونس قاصدا القيروان حيث أقام معسكره قبل أن يولى وجهه شطر الحامة [حامة دقيوش] واستطاع أن يهزم ابن غانيه، ولكن يحيى بن غانيه استطاع بعد بضعة سنوات أن يستولى ليس على القيروان فحسب ولكن على كل إفريقية وذلك لفترة قصيرة إذ سرعان ما عادت القيروان إلى الموحدين ومن بعدهم إلى الحفصيين.
وقد عانت البلاد فى سنة ٦٦٩ هـ/ ١٢٧٠ م معاناة شديدة نتيجة نزول لويس التاسع فى قرطاج وأعلنت المدينة المقدسة التى أسسها سيدى عقبة [أى القيروان] الجهاد، وبعد ذلك بسنوات عديدة كتب لهذه المدينة أن تلعب دورا سياسيا محددًا حيث أيدت اعتلاء المدعى ابن أبى عمارة للعرش وبايعته، فبايعته باقى المدن مثل صفاقص وسوسة والمهدية.
ومن الأحداث الهامة أنه فى المحرم ٧٤٩ هـ/ أبريل ١٣٤٨ م نجح العرب الرحل [البدو] فى هزيمة أبى الحسن المرينى -الذى كان قد استولى على إفريقية- قرب القيروان. واستطاع خير الدين بربروسا والى الجزائر أن يستولى على تونس فى ١٨ أغسطس ١٥٣٤ م ووضع حامية فى القيروان وأعلن سقوط الأسرة الحفصية ولكن فى السنة التالية (أى ١٤ يوليه