وبينما كان الاتجاه الأصولى يثبت أقدامه فى مواجهة الاتجاه الأخبارى، كان التنازع على السلطة بين الدولة والعلماء مثارا فى عهد القاجار. هذا ورغم أن القاجار لم يصلوا فى التوفيق معهم إلى حد قبول المبادئ التى قبلها الصفويون، فقد تمتعوا بشئ من الشرعية على يد قيادة من المجتهدين مثل الشيخ جعفر النجفى كاشف الغطاء (المتوفى ١٢٢٧ هـ/ ١٨١٢ م) وميرزا أبو القاسم القمى (متوفى ١٢٣١ هـ/ ١٨١٦ م) وسيد جعفر كاشف (متوفى ١٢٦٧ هـ/ ١٨٥٠ م)، وأخذت هذه القضية الشرعية وضعا أكثر خطورة بإصدار الشيخ جعفر كاشف -شيخ المجتهدين- إذنا للشاه فتح على (١٧٩٧ - ١٨٣٤) بإعلان الجهاد باسم الإمام الغائب ضد روسيا.
ورغم ما أعطى للمجتهدين من سلطة، فقد أعيد النظر فى الرأى الذى بمقتضاه ظهر نظام "مرجعية التقليد"، والذى يعنى فى الواقع إنشاء هيئة متدرجة من المجتهدين تحت رئاسة واحدة. ورغم أنه من الوجهة النظرية فإن التدرج يكون على أساس "الأعلمية"، فإن العمل سار على الأخذ بمدى التأثير على المقلدين، أى على أساس "الرياسات", متمثلة فى تقدير العامة وتحصيل الضرائب الدينية، وهو المفهوم الذى تطور مع التغيرات السياسية الاقتصادية والاجتماعية. فخلال القرن التاسع عشر كانت الرياسة مرتبطة بوجه خاص بمدى سيطرة المجتهد على الطبقات الاجتماعية والاقتصادية والمجتمعات العرقية (كالعرب والفارسيين والترك أو الناطقين بالتركية).
ويرتبط أيضًا التأخر فى هيكل تدرج الأئمة بالخلاف حول السلطة الذى استمر رغم إنشاء الملا أحمد نراغى (متوفى ١٢٤٥ هـ/ ١٨٢٩ م) لمبدأ تفويض السلطة للمجتهدين "الولاية". وقد جمع كل فريق قدرا من الأحاديث، تعارض ما جمعه الفريق الآخر، انتصارا لوجهة نظره حول شرعية السلطة للمجتهدين وبوصول مبدأ "ولاية الفقيه" إلى آخر مراحل تطوره على يد آية اللَّه الخُمينى (المتوفى ٤ يونيو