ولما توفى تيمور سنة ٨٠٧ هـ (١٤٠٥ م) كان بير محمد يحكم فى كابل. على لم ن خليلاً هو الذى استحوذ على عرش الامبراطورية. وقد انتهت الحرب التى لم عقبت ذلك بقتل بير محمد. ولم يلبث خليل أن أقصى عن العرش وأصبح شاهْرُخ هو الحاكم الأعلى - وكان عهد الذى دام أربعين سنة تقريبا عهد سلام استطاعت فيه البلاد أن تفيق من أعمال التخريب التى حلت بها فى السنوات الأخيرة. وخلف شاهرخ ألغ بك فعبد اللطيف فعبد الله فبابرميرزا، وحكم كل منهم مدة قصيرة، وفى سنة ٨٦١ هـ (١٤٥٦ م) اعتلى العرش أبو سعيد، ولكن مُلك خراسان وأفغانستان كان موضع نزاع بينه وبين حسين بيقرا. وقد هزم حسين سنة ٨٧٠ هـ (١٤٦٥ م)، ولكن أبا سعيد توفى بعد سنتين، ولم ينل خلفه سلطانُ أحمد خراسانَ بحال، وحكم حسين بيقرا بلا منازع من قصبته هراة، حكم خراسان وسيستان وغور وزمين داور. وقد بلغت هراة فى عهدى شاهرخ وحسين بيقرا الطويلين اوج شهرتها قاعدة للشعر والعلم والفن.
وفى السنوات الأخيرة من عهد حسين بيقرا هدد حاكم من الشمال سلطان شيبانى وأزابكته النامى، على حين أظهرت الأجزاء الأخرى من أفغانستان ميلا إلى الانقسام إمارات قائمة بذاتها وان كان لا يحكمها امراء من أهلها. ومكن بابر لنفسه فى كابل، واتخذ لقب "بادشاه". وكانت كابل حتى ذلك الوقت تحت حكم أعضاء من البيت التيمورى يتفاوت حظهم من الاستقلال. وكان مقيم بن أرغون قد استولى عليها وشيكا حين ظهر بابر أمامها واحتلها سنة ٩٠١ هـ (١٥٠٥ م). وظلت كابل تحت حكم بابر وخلفائه أباطرة الهند أكثر من مائتى سنة حتى فتحها نادر شاه.
بابر، أرغون، الأوزبكية، شاه إسماعيل: وكان قيام أسرة أرغون أعظم من ذلك خطراً على مملكة خراسان. ذلك أن مؤسسها ذا النون بك أرغون سليل الإيلخانية ووالى غور وسيستان قد تلقى أيضاً بعد هزيمة قبيلتى هزارة ونيكودارى إقليمى زابلستان وكومسير. واتخذ ذو النون قندها