رقصبة له واستقل بأمر نفسه وبسط حكمه بمعاونة ابنه شاه بك جنوبا حتى ممر بولان وسيوستان، بل لقد بلغ به الأمر أن غزا هراة سنة ٩٠٤ هـ (١٤٩٨ - ١٤٩٩ م) وجند جيشه من سكان غور وزمين داور وقندهار، ومن التاجيك والأفغان فيما يرجح. وغزا ابنه مقيم كابل كما بينَّا من قبل، وإن كانت غزوته لها لم تدم إلا مدة قصيرة. على أن غزوة شيبانى قد أثبتت زوال سلطان ذى النون بك، فقد قتل فى المعركة الأولى مع الأوزبكية، واحتل شيبلنى هراة سنة ٩١٣ هـ (١٥٩٧ م).
وهنالك وقع ابنا ذى النون -شاه بك ومقيم- بين بابر وشيبانى. فقد ادعى بابر، ومعه بعض الحق، أنه وريث إمبراطورية تيمور وتقدم مغيراً على قندهار، على حين تحالف أمراء أرغون على هم القديم شيبانى. وهزمهم بابر واستولى على قندهار، وترك عليها واليا من قبله هو ابنه ناصر ميرزا الذى لم يلبث ان هاجم شيبانى. وكان بابر بشخصه فى طريقه إلى هراة لتنسيق إجراءات الدفاع ضد الأوزبكية مع سلطان حسين، وهنالك سمع بوفاة سلطان حسين، فانضم إلى أبناء سلطان فى حملتهم على المرغاب، ثم زار هراة وعاد شتاءً بالطريق الجبلى إلى كابل، وكانت هذه رحلة لقى فيها وهو وجنوده شدائد عظيمة. عاد بابر إلى كابل سنة ٩١٢ هـ (وائل سنة ١٥٠٧ م) فى غز الوقت المناسب للقضاء على مؤامرة خطيرة أفرخت بين أقربائه. ثم تابع حملته على قندهار فى الصيف، وما وافى شهر جمادى الأولى سنة (سبتمبر سنة ١٥٠٧) حتى كان قد رجع إلى كابل ليجهز لحملة على الهند، وما إن بدأها حتى أعاده على أعقابه الخبر بأن قندهار قد سقطت وأن الأرغوتيين قد أعادهم شيبانى إلى الحكم. وكان بابر عندما بلغه هذا الخبر مشتبكا بالفعل فى حرب مع قبائل جكدلك وننكرهار الأفغانية، وهى قبائل كانت قد استقرت حديثا فى وادى كابل. ولقى بابر مشقة عظيمة فى الثبات فى كابل نفسها، ذلك.