الإسلام (يحتل جعفر المركز الرابع والعشرين أو الحادي والثلاثين أو الثاني والثلاثين في ثبت السابقين إلى الإسلام) وكان ضمن المسلمين الذين هاجروا إلى بلاد الحبشة (يتصدر اسمه القائمة الثانية التي أوردها ابن هشام في كتابه ص ٢٠٩). وتبعته زوجته أسماء بنت عميس. وعندما بعثت قريش أبا ربيعة بن المغيرة المخزومي ابن العاص إلى النجاشي، تطلب منه اعتقال المهاجرين، قام جعفر بتلاوة آيات من القرآن الكريم ورد فيها ذكر العذراء مريم (من سورة مريم) أمام العاهل الحبشى، وقرأ في حضرته من بعد، آيات من القرآن الكريم تناولت عيسى بن مريم (سورة النساء)، وظفر منه بالحماية لنفسه ولأصحابه، بل يقال إنه جعل النجاشي يدخل في دين الإسلام. وفي غضون فترة الهجرة المذكورة أوصى النبي صلى الله عليه وسلم النجاشي صراحة بجعفر، وفي الفترة التي عقد فيها عهد التآخى المشهور بين المهاجرين والأنصار، آخى النبي صلى الله عليبما وسلم بين معاذ بن جبل وجعفر، وإن جعفرًا قد شهد وقعة بدر، إذ أن اسمه يذكر بين من شهدوها.
والتقى جعفر، لدى عودته من بلاد الحبشة، بالنبي صلى الله عليه وسلم يوم الاستيلاء على خيبر سنة ٧ هـ (٦٢٨ م) فضمه النبي صلى الله عليه وسلم إلى صدره بحرارة وصاح قائلا: "ما أدرى بأيهما أنا أسَرْ. بقدوم جعفر أو بفتح خيبر؟ ".
ويتردد اسم جعفر في المصادر المتصلة بقصة عمّارة بنت حمزة عم النبي صلى الله عليه وسلم. وكانت الفتاة قد بقيت بمكة. وعرض عليّ أن يتخذها زوجة ويصحبها إلى المدينة لينقذها من عبدة الأوثان، ويحترم في الوقت نفسه صلح الحديبية، فاحتج زيد ابن حارثة بأنه وليها بصفته أخًا لحمزة ووريثًا له، وقال إن جعفرًا وليها كذلك بسبب قرابته لها (كان جعفر ابن أخي حمزة وأخا زوج أم عمارة) ووافق محمد صلى الله عليه وسلم على أن جعفرًا هو الذي تجب ولايته للفتاة، ومنعه من الزواج بها بسبب صلة قرابته المزدوجة. ورحب جعفر بقرار النبي