يدفعا عن مدينتهما تهمة معاونة المصريين على العثمانيين، وقد أيد الامتيازات القديمة التى حصلت عليها البندقية فرمان مؤرخ فى ٨ سبتمبر ١٥١٧، على أن ثمة فرمانا مكتوبا بالعربية تعهد به سليم لقنصل البندقية فى الإسكندرية فى تاريخ مبكر يرجع إلى ١٦ فبراير سنة ١٥١٧ بتأييد الامتيازات التى كان ينعم بها أهل البندقية (انظر Ein Firman des Sultans Selim Ifur die V enetianer: B.Mnritz فى Festschrift Sachau، ص ٤٢٢ وما بعدها).
ومن آثار القاهرة التى وجه سليم معظم عنايته إليها مقياس النيل المقام فى جزيرة الروضة وكان قد أمر ببناء جوسق فيها كان مقامه المفضل عندما يكون فى القاهرة؛ وحوالى أواخر مايو قام سليم برحلة إلى الإسكندرية لزيارة أسطوله الذى كان قد وصل إليها حينئذ تحت إمرة بيرى باشا، وعاد إلى القاهرة فى ١٢ يونية، وظل فيها ثلاثة أشهر أخرى؛ وغادر المدينة فى ١٠ سبتمبر تاركا خائر بك واليا على مصر (ولكنه كان قد أرسل نساءه وأطفاله رهائن إلى فلبه) وبلغ دمشق فى ٨ أكتوبر؛ وكان السبب الأكبر فى عودته انتشار روح التمرد فى صفوف الجيش. ورحل سليم عن مصر دون أن يتمكن خلال إقامته فيها من إعادة تنظيم الكثير من أمورها. وقد ذكر المؤرخون العثمانيون (رستم باشا) أن "العدالة الحق" قد وجدت سبيلها إليها، إلا أن المساوئ الكثيرة لم تكن قد خفت وطأتها؛ وقد وجد إدريس البدليسى من نفسه الجرأة على أن يوجه نظر السلطان إلى هذه المساوئ فأعاده إلى تركية مع الأسطول، ولم يكن يونس باشا، الصدر الأعظم الجديد، أكثر رضا عن الحملة، وكان السلطان قد عزله عن ولاية مصر، ثم أثار خائر بك شكوك السلطان مما أدى إلى قتله فجأة فى ١٩ سبتمبر فى الصحراء القريبة من غزة، وخلفه بيرى باشا. وقضى سليم الشتاء فى دمشق، واستأنف رحلته فى فبراير سنة ١٥١٨ بعد أن نصب جانبردى الغزالى واليا على الشام، ثم قضى