كما تولى عدّة مناصب في التدريس، وتخرّج على يديه كثير من العلماء الأجلاء، الذين عرفوا في شتى المجالات العلمية في التدريس، والتأليف، والدعوة، والإرشاد، فكان من الطبيعى أن يتبوأ مكانة مرموقة في المجال العلمي.
لقد بدأ الشيخ محمد إلياس بالتدريس، كعادة السلف الصالح، لأن التدريس جزء هام في الحياة العملية، لاستيعاب الكتب العلمية بعد التخرّج، حتى تسري حلاوة العلم في شرايين الجسد، وتودّي الأمانة كاملة إلى أهلها.
وقد عيّن الشيخ محمد إلياس بعد تخرّجه أستاذا في أكبر مركز علميّ في جامعة مظاهر العلوم بمدينة "سهارنفور"، وذلك عند ما عزم معظم مدرّسي الجامعة على حجّ بيت الله الحرام في عام ١٣٢٨ هـ، وعيّن المدرّسون الجدد ليحلّوا محلّهم مؤقّتا. وبعد رجوع الأساتذة من أراضي "الحجاز" المقدّسة، عزل الأساتذة الجدد، وبقي الشيخ محمد إلياس، حيث أصرّ مسئولو الجامعة على بقائه في التدريس.
وفي تلك المرحلة كان الشيخ يدرّس الكتب المتوسّطة المتدوالة آنذاك، ومما يدلّ على ذكائه الفريد أنه كان يعلّم بعض الكتب التي لم يدرّسها في مراحل تعليمه، بل كان يستعين بشروحها، كما يقول عنه الأستاذ أبو الحسن علي الندوي: إنه كان ماهرا منذ مراحل تعليمه الأولى في استخراج المعاني والمفاهيم من الكتب بنفسه، فكان يستعين بالشروح كلّما احتاج الأمر إلى ذلك، فمثلا يطالع كتاب "البحر الرائق"، و"الشامي"، و"الهداية" وقت تدريسه لـ "كنز الدقائق" في الفقه، ويستفيد بـ "توضيح تلويح" و"شرح الحسامي" لكتاب "نور الأنوار".