بدأت رحلاته العلمية بداية طيبة تحت إشراف أبيه الفاضل الشيخ محمد إسماعيل، ثم أخيه العلامة الشيخ محمد يحيى، وبعدها ظلّ يرقى في المدراج العلمية، حتى وصل إلى مكانة رفيعة في العلوم الدينية، حتى أنه لم يترك أيّ مركز علميّ هام في شبه القارة إلا وقد تعلّم، وتربّى فيه، فيما عدا المدارس والجامعات الأجنبية الإنجليزية وغيرها. فلم يلجأ إليها بحثا عن المادة أو سعيا وراء الجاه والشهرة، وإنما كان دافعه لذلك الرغبة الملحة بغية إدراك الإيمان العميق لقيمة العلم، وكان كلّ ذلك بفضل الإيمان العميق بقيمة العلم، ويفضل البيئة التي عاشَ فيها هو وأسرته.
وقد ركز الشيخ محمد إلياس جلّ اهتمامه في طلب العلم، والتربية العملية، والروحية الخالصة على يد كبار العلماء والزهّاد والعباد، ومرشدي المسلمين في شبه قارة الهند والباكستانية، كما تعلّم قراءة القرآن في صغر سنّه على يد المحفّظ "منجتو"، ثم اتّجهَ فيما بعد إلى حفظ القرآن الكريم طبقا لدستور الأسرة على يد أبيه الشيخ محمد إسماعيل في قرية "نظام الدين"، لأن حفظ القرآن الكريم قبل كلّ شيء كان أمرا لا بدّ منه لكلّ أفراد الأسرة، ويظهر أثر هذا الالتزام في أبهى صوره في مسجد الأسرة، حيث يجتمع فيه جميع أفرادها، ويصلّون جميعهم صغيرا وكبيرا، الصلوات الخمس، فلا تجد بين صفوف المصلّين غير حافظ للقرآن من أبناء الأسرة.
وقد درس الشيخ محمد إلياس الكتبَ الأوليةَ في اللغتين الفارسية والعربية على يد والده في قرية "نظام الدين"، حينما كان يذهب لجدّته أمة الرحمن في "كاندهله" كان يدرّس نفس الكتب على يد الشيخ محمد إبراهيم الكاندهلوي.