بعد مرض ألم به، ودام طويلا، توفي رحمه الله في ٤٩ من عمره يوم الخميس ٤ جمادى الأولى ١٢٩٧ هـ، الموافق ١٥ أبريل ١٨٨٠ م، بمدينة "ديوبند"، ووُرّي جثمانه في قطعة أرضية، وقفها لدفنه في الجانب الشمالي من المبنى الأصلى الأولي لدار العلوم ديوبند الشيخ الحكيم الطبيب بالطبّ اليوناني العربي مشتاق أحمد عرفت فيما بعد بالمقبرة القاسمية، وهي مقبرة تضم جثمانات كبار علماء ومشايخ دار العلوم ديوبند إلى جانب مئات من الدعاة والصلحاء الآخرين رحمه الله، وجعل جنة الفردوس مثواه.
كان الإمام النانوتوي في العصر الأخير جنة للإسلام والمسلمين بعلمه الغزير، وفكره المستنير، وعقله المتفتح، وذكائه الثاقب، وتعمّقه في علوم الكتاب والسنّة، وتشربه لروح الدين وأسراره وحكمه ومصالحه، وكونه حاملا لسانا ذربا بليغا، وعلما حاضرا، ومقدرة بيانية فائقة في الكتابة والخطابة معا إلى جانب صلاحه وتقواه وإنكاره لذاته وتواضعه، الذي كان لا يوجد نظيره حتى في عصره، قد كان يستر حسناته، كما يستر أحدنا سيئاته، إيمانا منه بأن الله تعالى عند ما يشهر أمر عباده، ويطلع الناس على صلاحه وحسناته ربما يعجل له جزاءه في الدنيا، ولا يدّخر له شيئا في الآخرة.
وله في ذلك قصص كثيرة مدوّنة في الكتب، التي ألّفها القوم ومتناقلة على ألسنة الناس، ولن يكون صاحبها إلا عبدا محبوبا لدى ربّه الشكور، يختاره الله ليكون نافعا للناس والأمة المسلمة، فيمكث ذكره في الأرض.