تلقّى مبادئ القراءة في وطنه "نانوته"، وقرأ بها القرآن الكريم، ثم انتقل إلى "ديوبند"، وقرأ بها في كتّاب على الشيخ نهال أحمد مبادئ العربية، ثم انتقل إلى "سهارنبور"، وقرأ على الشيخ محمد نواز السهارنبُوري كتب الفارسية والعربية الابتدائية.
ثم انتقل مع أستاذ الأساتذة الشيخ مملوك العلي النانوتوي رحمه الله (١٢٠٤ هـ / ١٧٧٩ م - ١٢٦٧ هـ/ ١٨٥١ م) إلى "دهلي" عام ١٢٦١ هـ / ١٨٤٥ م، وبدأ يقرأ عليه "الكافية" في قواعد النحو، وأتم قراءة جميع الكتب الدراسية عليه، وقرأ كتب الصحاح الأربعة:"صحيح البخاري"، و"صحيح مسلم"، و"جامع الترمذي"، و "موطأ الإمام مالك" على الشيخ الشاه عبد الغني المجدّدي رحمه الله (١٢٣٤ هـ / ١٨١٩ م- ١٢٩٦ هـ/ ١٨٧٨ م)، وقرأ "سنن أبي داود"، و "سنن النسائي"، وجزءا من "موطا مالك" على الشيخ المحدّث أحمد علي السهارنبوري رحمه الله، وبايع في التزكية والإحسان الشيخ الكبير الحاج إمداد الله الفاروقي التهانوي المهاجر المكّي رحمه الله، وكان الشيخ محمد قاسم قد ألحقه الشيخ مملوك العلي بعد إنهائه عليه الكتب الدراسية اللازمة بالكلّية العربية الشهيرة بـ "دهلي"، التي كانت تديرها الحكومة الإنكليزية الاستعمارية، وكان الشيخ مملوك العلي رحمه الله من كبار أساتذتها، وقد فاق الشيخ النانوتوي جميع زملائه في الدراسة فيها، ولكنه عند ما اشتهر مكانه وعلا شانه غادر الكلّية دون أن يؤدّي امتحانها السنوي، مما آسف جميع الأساتذة والمسؤولين، ولا سيّما عميد الكلّية "المستر جوزيف هينرى تايلر"، ولكنه كان يكره الشهرة، لكونه مطبوعا على التواضع وإنكار الذات والزهد البالغ في الظهور.