وبما أن الشيخ خليل أحمد كان عاكفا على تأليف كتابه "بذل المجهود"، فقسمت عدّة دروسه على شتى الشيوخ، فأسند إليه تدريس "البخاري"، و"الترمذي"، فعلى هذا النحو ولي تدريس الحديث أول مرة، كان عالما جيّدا، يدرّس كلّ فن دون كلفة، ماهرا، متضلّعا في كتب المنهج النظامي، فدرّس "البخاري" لأعوام طوالا، إلى جانب ذلك درّس "شرح معاني الآثار" للطحاوي، و"الشاطبية"، و"المطوّل"، و"الملا حسن"، و"التهذيب"، و"تلخيص المفتاح"، و"منية المصلّي"، و"تفسير ابن كثير"، و"رسم المفتي"، وما إلى ذلك عدّة مرات.
ولما سافر الشيخ خليل أحمد إلى "الحجاز" للسعادة بالحجّ والزيارة عام ١٣٣٣ هـ ولي مديرا موقّتا، فقام بمسؤولياته بكلّ قوة وتيقّظ، وحزم ونشاط، مما دفع المسؤولين عنها إلى أن يعترفوا يجدارته وأهليته وصلاحيته، كما تدلّ على ذلك ألفاظ آتية للتقرير عن المدرسة: إن المولوي عبد اللطيف قد أنهى المراحل التعليمية بهذه المدرسة من البداية إلى النهاية بقصوى الجدّ والجهد والنشاط، وهو سليم الطبع، وجيّد المزاج والمذاق، وحدة الذهن والعقل، وغاية الذكاء والفطنة، هو ذو الجدّ والكدّ الوافر، ومكبّ على التدريس والإفادة منذ عهد الطلب، ومما وهبه الله خاصّة المهارة في الفنون العربية إلى حدّ يستطيع بها أن يدرّس الكتاب في كلّ فنّ دون كلفة، قهذه نعمة من نعم الله، يعرف تقديرها رجال العلم والدين حقّ المعرفة، كما بقى يدرّس ويفيد كلّ فن منذ إحدى عشرة سنة.
له القدم الراسخة في الحديث والفقه، فظلّ يعلّم هذا العام بكلّ عناية واهتمام، ويقوم بالشؤون التعليمية بمساعدة رئيس المدرسة بأحسن القيام، فلم يحدث فيها شئ من النقص الانخفاض، كما عاون رئيسها في إدارة وتنظيم ما يتعلّق بها من أمور أخرى.