وكان والده موظّفا حكوميا، وكان له من الأولاد ابنه هذا بالإضافة إلى بنتين، وكان يحبّه حبًا شديدًا.
بعد انتهاء الشيخ من مراحل الدراسة الأولية استأذن أباه في الذهاب إلى جامعة دار العلوم، لتحصيل العلم الديني، إلا أن أباه أمره بدراسة الطبّ المعتمد على الأعشاب، ثم لينشغل بالعلوم الدينية بعد ذلك.
وقد حاول الشيخ الاعتذار، لأنه لم يكن يطيب لقلبه الاشتغال بالعلوم الدنيوية، لكن لم يكن له أمام إصرار الوالد غير مجاهدة نفسه على تقضية تلك السنوات.
وبعد مدّة أصرّ عليه والده كي يذهب إلى مدينة "إله آباد" ليتعلّم الطبّ في جامعة شهيرة بتدريس الطبّ، ففعل، وأقام هناك عند عمّته مستمرّا على حاله السابقة من الاشتغال بذكر الله تعالى.
ومع أنه لم يكن يرغب حينها في الطبّ، إلا أنه يدعو الآن لأبيه بالخير حيث أنه يشعر بفائدة عظيمة لاشتغاله بالطبّ، حيث أنه يوجّه تلاميذه إلى أن يكونوا في حدود الاعتدال، فلا يجهدوا نفوسهم في الأعمال الدعوية أو النوافل، إلا بقدر ما تتحمّله صحة الواحد منهم، بحيث لا تتأثر نفسه بالإرهاق الذهني أو الجسدي، أو يؤدّي بها إلى الانطوائية والأمراض النفسية.
اختار الشيخ محمد أختر أن يتزوّج امرأة من قرية "كوتله" القريبة من "أعظم كر"، لأنها كانت مشهورة في قريتها بصلاحها وتديّنها، بالرغم من أنها كانت أكبر منه بعشر سنين، وقد كانت كثيرة التلاوة.
وكانت نعم المعين له موافقة له في كلّ حال، ولم تضايقه أبدًا، ولما رأت شدّة محبته لشيخه عبد الغني أذنت له بطيب نفس في الذهاب إليه متى شاء، وحين هاجر شيخه عبد الغني سنة ١٣٧٩ هـ إلى "كراتشي" في