تدعى باسم الأسرة الأيوبية، نسبة إلى سيّدنا أبي أيوب الأنصاري، والشيخ خليل أحمد من سبط سيّد أساتذة الهند العلامة مملوك علي، ويتّصل نسبه العالي مع نسب الإمام رشيد أحمد الكنكوهي إلى الجدّ العاشر.
من الواضح أن الشيخ خليل أحمد استمرّ في تدريس العلوم الدينية النبوية والتربية والروحية، والإشراف على الهيئات العلمية، ونال فيها مكانة رفيعة بين معاصريه، وبذا تخرّج على يديه آلاف من كبار علماء شبه القارة، الذين جرّدوا أنفسهم للتعليم والتأليف والدعوة إلى الله، ومن أشهرهم في ميدان التدريس العلامة محمد يحيى بن محمد إسماعيل، وفي مجال الدعوة الشيخ محمد إلياس بن محمد إسماعيل، وفي مجال التدريس والتأليف شيخ الحديث محمد زكريا بن محمد يحيى بن محمد إسماعيل، رحمهم الله جميعا.
وكذلك فقد تلقّى الشيخ محمد إلياس التصرّف والتربية والروحية على يد الشيخ خليل أحمد السهارنفوري، كما بايع على يده بأمر شيخ الهند محمود الحسن، وذلك بعد وفاة إمام العارفين الشيخ رشيد أحمد الكنكوهي عام ١٣٢٣ هـ.
ومن ثم أصبح الشيخ خليل أحمد مشرفا علميا وروحيا للشيخ محمد إلياس، حيث لم يفارقه لحظة، ولم يتحرّك الشيخ محمد إلياس إلا بأمر مرشده ومشورته، حتى إنه كان يشرف على أموره المنزلية، مثلما شارك في حفل زواجه في السادس من ذي القعدة عام ١٣٣٠ هـ، كما أنه لم يباشرْ أيّ عمل خاص بشؤن أسرته إلا وكان يستشير مرشده وشيخه. وحينما عزم الشيخ خليل أحمد على الحجّ إلى بيت الله الحرام لم يقبل الشيخ محمد إلياس البقاء في "الهند" بدون شيخه، ولذا فقد صاحب شيخه للحجّ إلى