القاضي تلك القضيّة إلى الشيخ عبد النبي، فطلبه الشيخ فلم يأت، فبعث أكبر شاه أبا الفضل ابن المبارك وبيربر الوثني إلى "متهرا" ليأتيا به.
وقال الشيخ أبو الفضل: إن أهل متهراكلهم متفقون على أنه سبّ النبي صلى الله عليه وسلم، فصار العُلماء على قسمين: طائفة منهم تفتي بقتله، وطائفة تفتي بالتشهير والمصادرة! فاستصوب عبد النبي من أكبر شاه قتله، فأعرض السلطان عن القول به، فتأخّر الشيخ عن ذلك، وسأله مرة ثانية وثالثة، وكلّما كان يسأله يقول له: لا تسألوني عنه، فإن السياسات الشرعية تتعلّق بكم، وكانت في حرم السلطان طائفة من بنات الكفّار تشفع لذلك الكافر، ولكن السلطان يضمره في قلبه، فلمّا استيأس عن ذلك عبد النبي قضى بقتله، فغضب عليه السلطان غضبا شديدا، ورفع الشكوى إلى مبارك بن خضر النكوري.
فقال له المبارك: إن السلطان أعدل الأئمة، وأعقلهم، وأعلمهم بالله سبحانه، لا ينبغي له أن يقلّد أحدا من الفقهاء والمجتهدين، ورتّب محضرا فى ذلك، وبعث السلطان إلى عبد النبي وعبد الله، فحضرا في مجلسه، فلم يقم أحد لتعظيمهما، فجلسا في صفّ النعال، وأثبتا توقيعهما على ذلك المحضر كرها.
ثم أمر السلطان لإخراجهما إلى الحرمين الشريفين، فسافر عبد النبي إلى "الحجاز"، وأقام بها زمانا، ثم رجع إلى "الهند"، وطلب العفو والمسامحة من السلطان، فأمر وزيره راجه تودرمل أن يحاسبه، فقبض عليه ذلك الكافر، ونقمه أشدّ نقمة، حتى مات. انتهى.
وفي "مآثر الأمراء": أن السلطان حبسه للمحاسبة، وفوّض أمره إلى أبي الفضل بن المبارك النكوري، فقتله مخنوقا. انتهى.
قال الشيخ عبد الحي بن عبد الحليم اللكنوى في "طرب الأماثل": إني رأيتُ في نسخة من مصنّفاته أن مولانا عبد النبي صدر السلطان أكبر وصل