قرّر الشيخ محمد زكريا إقامته بمظاهر العلوم في رحلته الأخيرة لـ"الهند" عام ١٤٠٢ هـ، وأرسل إلى المسؤولين عن المدرسة رسالة، وهى الكتابة النهائية في حياته عن ذلك، فيها: قلت للشيخ المفتي محمود الحسن عن التدريس، يوفي مظاهر العلوم، فقبله.
جزاه الله خير الجزاء، فعلى المسؤولين عنها أن يولّوه منصب المفتي الأكبر بصفة فخرية، ليقوم بمهمّته في دار الإفتاء بها، ويتولاها بالرعاية والاهتمام، وليعني بالفتاوى التي يقوم بضبطها وترتيبها المولوي محمد خالد سلّمه بعناية خاصّة، ويعيد النظر عليها كما عليهم أن يخصّوه بحجرة من المدرسة، ليسكن فيها.
محمد زكريا بقلم محمد شاهد، غفر له.
تحريرا ٨ ربيع الأول ١٤٠٢ هـ.
بقي مشرفا على دار الإفتاء بمظاهر العلوم إلى ربيع الثاني ١٤٠٥ هـ، ولما حدث الفساد والاضطراب والخلاف والصراع بين مظاهر العلوم قدم جامعة دار العلوم ديوبند، واشتغل بها.
الإجازة في المبايعة:
قد لازم الشيخ عبد القادر الرائبوري، والشيخ محمد زكريا الكاندهلوي زمنا طويلا، وحصلت له الإجازة فيما بعد من الشيخ الكاندهلوي، حيث قال مرة عن ذاته: قد تناولته بالتربية والتعهّد والعناية لأربعين سنة، ثم تكرمت عليه بالإجازة في المبايعة والإحسان.
مزاياه:
له مكانة خاصّة في الحديث والفقه والإفتاء، فدرّس شتى الكتب في الحديث، خاصّة "جامع الإمام البخاري" عدّة مرات، وكان عالما مبرّزا معتبرا في الفقه والإفتاء، ومشرفا على رجال الإفتاء في جامعة دار العلوم ديوبند،