إلى "مصر" كتب عنه في مجلة الإسلام الأسبوعية في عددها للواحد والأربعين من المجلد السابع لسنة ١٣٥٧ هـ، وحضَّ العلماء على أن يتنبهوا لأفكاره الهدّامة، ويلقموا الأحجار في أفواه هؤلاء الملاحدة، وقد أفتى علماء "مصر" أن آراء المشرقي كفر صريح، وإلحاد ظاهر، كتب في مقاله:
عار والله على الذين يحملون لواء الدين، وينوءون بثقل أعبائه على أكتافهم، أن يسكتوا عن مثل هذه الحالة المنكرة الفظيعة، أو يقصروا في القيام للدفاع بالقدر، الذي يستحقّه هذا الفشل، وتتطلبه تلك الفوضى، كتب عن تفسيره "التذكرة" في كتابه "يتيمة البيان في شيء من علوم القرآن".
ومن تفاسير أهل الباطن تفسير لعناية الله المشرقى الأمرتسري، سماه "التذكرة"، وحال الرجل أشهر من نار على علم، وهو على طريقة السيّد أحمد خان، الذى ذكر حاله في هدم أصول الإسلام، واتفق رأيه حذو القذة بالقذة في أكثر أصوله سواء بسواء، ولما ألَّف "تذكرته" هذه، وطبعها، ورآها علماء الحق أكفروه بالإجماع، لم يتخلف عنه أحد من أهل الحق، ثم أخذ يعدّد هفواته وأباطيله، وختم الكلام عليه بقوله: وبالجملة: وجوه كفر الرجل أكثر من أن تستقصى في هذا الموضع.
وقد ماتت هذه الفتنة حتف أنفه، وصار الأمر كما كتب الشيخ فى نهاية مقاله: إذا جاء نهر الله بطل نهر معقل.
وقد ألَّف الشيخ رسالته "بغية الأريب في مسائل القبلة والمحاريب"، ردا على هذا الضال، لما أصدر بيانا أن جهة القبلة في بلادنا غير صحيحة، ولا تجوز الصلاة إلى هذه الجهة التي تصلى إليها عندنا، فردَّ