على يد كبار علماء العصر، فيغترف من معارفهم، وينهل من خبراتهم العلمية، ولا يخفى هذا الأثر الهائل في التربية، التي درج عليها الشيخ محمد إلياس في أكبر مركز للعلوم والمعارف في شبه القارة الهندية والباكستانية، مما حفز حميته الدينية، وزاد من فهمه للدين ومبادئه وإداركه لحقيقة التربية الروحية والعملية، التي كان لها أكبر أثر في بناء شخصيته القيادية في شتى المجالات الروحية والمعنوية.
ومن المعلوم أن أخصب فترة في حياة الإنسان لتلقّي التربية الأساسية، وتقبل أثرها هي التي كان فيها الشيخ محمد إلياس في "كنكوه"، لأنه كان في ذلك الحين لا يزال في حداثة سنّه، حيث كان يناهز العاشرة من عمره.
ولما توفي الشيخ رشيد أحمد الكنكوهي في عام ١٣٢٣ هـ كان الشيخ محمد إلياس قد قارب العشرين من العمر.
ويذكر الشيخ محمد زكريا عن عمّه الشيخ محمد إلياس أنه كان يقول: حينما كان كبار علماء "الهند" و"السند" يزورون شيخ العارفين الشيخ رشيد أحمد الكنكوهي لكسب الفيض العلمي منه، والتباحث في أمور المسلمين في أنحاء البلاد، ليرشدهم الشيخ إلى الخير والإصلاح في الأمور الدينية والمعنوية وغيرهما، كان أخي الشيخ محمد يحيى يأمرني أن أستمرّ في صحبتهم بدلا من الدروس اليومية، قائلا لي: إن صحبة هؤلاء العلماء هي دروسكَ، والأفضل أن تجلس معهم، وتنصت لما يتحاورون فيه بشأن الإسلام، والمسلمين في أنحاء العالم.
وأثناء تلك الفترة حدث شيء لم يكن في الحسبان، إذ توقّف الشيخ محمد إلياس عن التعلّم خلال مدّة إقامته في "كنكوه"، نظرا لما أصابه من آلام