عليه بسجن سنتين، مع الاشتغال بالأعمال الشاقّة وأطلق سنة اثنتين وأربعين وثلاثمائة وألف.
ولما اعتزل الشيخ العلامة أنور شاه الكشميري شياخة الحديث في "ديوبند"، وانتقل إلى "دابهيل" وقع الاختيار على الشيخ حسين أحمد رئيسا للمعلّمين، وشيخا للحديث في دار العلوم، فانتقل إلى "ديوبند" سنة ستّ وأربعين وثلاثمائة وألف، واستقل بتدريس الحديث ورياسة المدرسة، فحافظت على شهرتها ومركزها وثقة الناس بها، وشمّر عن ساق الجدّ والاجتهاد في تدريس الحديث الشريف، وفي بثّ روج النخوة، والإباء في المسلمين، وجمع بين التدريس والعمل في المجال السياسيّ بهمّة نادرة وقوة إرادة. وجال في "الهند" طولا وعرضا يحضر الحفلات، ويلقى الخطب والمحاضرات، ويتحمّل مشاقّ السفر، ويسهر الليالي، وهو محافظ على أوقاته وأوراده، يجهد نفسه، ويحيي ليله في المطالعة والتدريس، مع بشاشة دائمة، وتواضع مفرط، وإكرام للوافدين، وقضاء لحق الزائرين والسائلين.
وصرف همّته إلى تأييد القضية الوطنية، ومساعدة جمعية العلماء، التي كان من أكبر أعضائها، فقاد "حركة العصيان المدني" سنة إحدى وخمسين، وسجن لستة أشهر، ثم أطلق، ورأس عدّة حفلات سنوية لجمعية العلماء، وفي سنة إحدى وستّين وثلاثمائة وألف قامت الحركة الوطنية على قدم وساق، وغلى مرجلها، وطلب المؤتمر الوطني من الإنجليز أن يغادروا البلاد، وألقى الشيخ حسين أحمد خطبا حماسية، فألقى القبض عليه لثمان خلون من جمادى الآخرة سنة إحدى وستين وثلاثمائة وألف، وبقي معتقلا نحو ثلاث سنوات، وهو صابر، محتسب، متحمّل للأذى، مشتغل بالعبادة والإفادة في السجن، حتى جاء الأمر بالإطلاق في السادس من رمضان سنة ثلاث وستين، فعاد إلى ما كان عليه من كفاح وجهاد، وتعليم وإرشاد، وخدمة