للسلطان تكبّرا مع أنه ظلّ الله وخليفته، بل لم يتواضع تواضعا جاريا، فغضب عليه السلطان، وحبسه في قلعة "كواليار"، وكان شاهجهان ولد جهانكير مخلصا للشيخ، فأرسل إليه أفضل خان، والمفتي عبد الرحمن من رجاله، مع بعض كتب الفقه قبل أن يحضر عند السلطان، وقال إن سجدة التحيّة تجوز للسلاطين، فإن تسجد للسلطان عند اللقاء فأنا ضامن من أن لا يصل إليكم ضرر منه، فلم يقبل الشيخ، وقال: هذه رخصة، والعزيمة أن لا يسجد لغير الله سبحانه، فلبث في السجن ثلاث سنين، وحفظ القرآن في تلك الحالة، ثم أخرجه السلطان من السجن بشرط أن يقيم في عسكره، ويدور معه، فأقام الشيخ في معسكره ثماني سنوات، وبعد وفاة السلطان رخّصه ولده شاهجهان المذكور، فعاد إلى "سرهند"، وصرف عمره بالدرس والإفادة.
ومن مصنّفاته:"الرسالة التهليلية"، و "رسالة في إثبات النبوة"، و "رسالة في المبدأ والمعاد"، وله "رسالة في المكاشفات الغيبية"، و "رسالة في آداب المريدين"، و "رسالة في المعارف اللدنية"، و "رسالة في الردّ على الشيعة"، وتعليقات على "عوارف المعارف" للسهروردي، و "مكتوبات" في ثلاث مجلّدات.
المجلد الأول يشتمل على ثلاثمائة وثلاثة عشر مكتوبا.
والثاني على تسعة وتسعين مكتوبا.
والثالث على مائة وأربعة عشر مكتوبا.
وله غير ذلك من المصنّفات والرشيقة الممتعة، وفي كلّ ذلك كشف القناع عن وجوه الحقائق والمعارف مما لم يتيسّر لأحد قبله.
قال الشيخ محسن بن يحيى البكري التيمي في "اليانع الجني": ولقد بلغه الله سبحانه من الولاية منزلة لا يرام فوقها، وهدى به بعهده ثم بأصحابه من بعده خلقا لا يحصيهم إلا مَنْ أحصى رمل عالج عددا، فلا ترى ناحية من