وزارة علىّ بن عيسى فى هذه السنة ظهر للمقتدر بالله تخليط الخاقانىّ وعجزه عن الوزارة، فأراد عزله وإعادة أبى الحسن بن الفرات، فمنعه مؤنس الخادم وقال له: متى أعدته ظنّ النّاس أنّك إنما قبضت عليه شرها فى ماله! وأشار عليه باستدعاء علىّ بن عيسى من مكة وتقليده الوزارة وشكره مؤنس الخادم وأثنى عليه.
فأمر المقتدر باحضاره، فوصل إلى بعداد فى أوّل سنة إحدى وثلاثمائة، فجلس فى الوزارة وسلّم إليه الخاقانىّ فأحسن إليه ووسّع عليه. ولما تولّى علىّ بن عيسى لازم العمل والنظر فى الأمور وردّ المظالم، وأطلق من المكوس شيئا كثيرا، وأسقط زيادات كان الخاقانى قد زادها/ للجند؛ لأنه عمل معدّل الدّخل والخرج فرأى الخرج أكثر من الدّخل، فأسقط الزيادات. وأمر بعمارة المساجد والجوامع وتبييضها وبسطها بالحصر وإشعال الأضواء فيها. وأمر بإصلاح البيمارستانات وعمل ما تحتاج إليه، وغير ذلك من وجوه البر والقربات «١» .
قال «٢» : ولما عزل الخاقانى أكثر الناس التزوير على خطّ الخاقانىّ بصلات وإدرارات، فنظر علىّ بن عيسى فى ذلك فأنكر