البرتغال ومستعمراتها وسائر ممتلكاتها البحرية ونصت بنود سرّية على تعهد اسبانيا بإلحاق ٨،٠٠٠ مقاتل من المشاة و ٣،٠٠٠ مقاتل من الخيالة بجيش جونو Junot أثناء مروره باسبانيا.
ووجدت الأسرة المالكة البرتغالية أَلاَّ طاقة لها بمقاومة هذه القوات المشتركة الفرنسية الاسبانية، فاستقلَّت سفينة إلى البرازيل. وفي ٣٠ نوفمبر دخل جونو لشبونة، وبدا أن فتح البرتغال قد اكتمل. ولكي يدفع نابليون تكاليف عملياته فرضَ على رعاياه الجُدد دفع تعويض مقداره مائة مليون فرنك، جزء من منه لمساعدة جونو إذا ما أرسلت بريطانيا حملة عسكرية إلى البرتغال، وربما لتحقيق أغراض أكبر، وأرسل نابليون إلى أسبانيا ثلاثة جيوش إضافية جعل قادتها تحت قيادة مورا Murat الموحّدة وأمره باحتلال بعض المراكز الإستراتيجية قرب مدريد.
وكانت الخلافات في الحكومة الاسبانية بين يدي نابليون يُكيِّفها كيف شاء. لقد خشي فرديناند ذو الثلاثة والعشرين عاما وهو الوريث الظاهر لعرش اسبانيا أن يعوق جودوي طريقة إلى العرش فقاد بنفسه مؤامرة للإطاحة به، واكتشف جودوي المؤامرة فأمر بالقبض على فرديناند ومؤيدّيه في ٢٧ أكتوبر واقترح محاكمتهم بتهمة الخيانة. وبعد ذلك بشهرين علم أن مورا الذي يتقدم بجيوشه قد يعمل على إطلاق سراحهم، فبادر هو بإطلاق سراح فرديناند ومعاونيه واستعد للهرب إلى أمريكا مع الملك والملكة، فهاجت جماهير المدينة في ١٧ مارس سنة ١٨٠٨ وقبضت على جودوي وأودعته في زنزانة بأحد السجون، وتنازل الملك الذي اعتراه الذهول عن العرش لابنه، وبناء على أوامر نابليون قاد مورا جنوده إلى مدريد (٢٣ مارس) وأطلق سراح جودوي ورفض الاعتراف بفرديناند ملكاً فتراجع تشارلز عن تنازله عن العرش وسادت الفوضى. وحثّ تاليران، الإمبراطور نابليون للاستيلاء على عرش اسبانيا أي أن يجعل من نفسه ملكاً على أسبانيا أيضاً.
وانتهز نابليون الفرصة - وربما كان هو الذي دبّرها، فدعا كلا من تشارلز الرابع وفرديناند السابع للالتقاء به في بايون Bayonne (على بعد حوالي