ولد في نويون بفرنسا يوم ١٠ يوليو عام ١٥٠٩، وكانت مدينته لها طابع كنسي، يسيطر عليها أسقفها وكاتدرائيتها، وهناك في البداية وجد مثالاً من حكومة يسيطر عليها رجال الدين - حكم رجال الدين لمجتمع باسم الرب.
وكان أبوه جيرار شوفان سكرتيراً للاسقف، ووكيل أعمال في إدارة الكاتدرائية، ووكيلاً للمقاطعة يشرف على الأعمال المالية. وقد ماتت أم جان وهو لا يزال حدثاً، فتزوج أبوه للمرة الثانية، ولعل كالفن يدين بجانب من روحه القاتمة إلى ما عاناه من تربية صارمة على يد زوجة أبيه. ونذر جيرار ثلاثة من أبنائه للكهنوت، وهو على ثقة من أن في وسعه أن يجد لهم مناصب، وحصل لاثنين منهما على صدقات بيد أن واحداً منهم انقلب إلى هرطيق، ومات وهو يرفض تناول القربان المقدس. وحرم جيرار نفسه من الغفران بعد خلاف مالي مع إدارة الكاتدرائية، ولقي بعض المتاعب قبل أن يوسد جثمانه في الأرض المقدسة.
وأرسل جان إلى كلية دي مارش في جامعة باريس. وقيد نفسه باسم جوهانس كالفينوس، وحذق كتابة اللاتينية ببراعة فائقة، ونقل فيما بعد إلى كلية دي مونيجو، ولابد أنه سمع هناك أصداء تتردد عن تلميذها المشهور أرازموس، وظل هناك حتى عام ١٥٢٨، وهو العام الذي التحق