عليه تم عزل كل الأساقفة تقريبا (من حكم وحداتهم) ووافقت بروسيا باعتدال على تقليص الحكم الأسقفي، وكانت النمسا بلا حول ولا قوة فلم يجدها سخطها فتيلا.
وتحقق الحكام الجدد أن النمسا قد تكون غير راغبة في تقديم حماية عسكرية لهم - بل إنها غير قادرة. كما لم يكونوا يتوقعون - وهم كاثوليك في غالبهم - حماية بروسيا البروتستنتية لهم. فلجأت الدول التي أعيد تشكيلها - المرة تلو المرة - إلى نابليون فهو الأقوى عسكريا، كما أنه من الناحية الرسمية - كاثوليكي. ففي ميونخ Munich (٣٠ ديسمبر ١٨٠٥) قابل كارل تيودور فون دالبرج Karl Theodor Von Dalberg ناخب مينز الإكليريكي (رئيس الأساقفة) - قابل نابليون العائد منتعشا لانتصاره في معركة أوسترليتز Austerlitz، ودعاه لقبول قيادة الولايات (الإمارات) التي أعيد تنظيمها. وظل الإمبراطور (نابليون) المشغول يفكر في الأمر مدة نصف عام، فوجد أن فرض الأمة الفرنسية لحمايتها على ألمانيا (جعلها محمية فرنسية) سيؤدي إلى عداء بقية الألمان، كما سيزيد عداء كل من إنجلترا وروسيا حدة.
وفي ١٢ يوليو ١٨٠٦ دخلت بافاريا، وفيرتمبرج Wurttemberg وبادن وهسي - دارمشتات Darmstadt - Hesse ونساو Nassau وبيرج Berg ودول ألمانية أخرى كثيرة - في اتحاد كونفدرالي هو كونفدرالية الراين Rheinbund، وفي أول أغسطس وافق نابليون أن يأخذ على عاتقه حماية هذا الاتحاد الكونفدرالي وافق أن يجعله محمية فرنسية، واحتفظ الكيان باستقلاله في الأمور الداخلية لكن المتحدين وافقوا على أن يرسم لهم السياسة الخارجية ووافقوا على أن يضعوا قوة عسكرية كبيرة تحت أمره يطلبها متى شاء. وأرسلوا إلى فرانسيس الثاني والدايت الإمبراطورية بما يفيد أن دول الكونفدرالية لم تعد أعضاء في الرايخ.
وفي ٦ أغسطس أعلن فرانسيس رسميا حل الإمبراطورية الرومانية المقدسة وتخلى عن لقبه الإمبراطوري المرتبط بها (كإمبراطور للإمبراطورية الرومانية المقدسة) واحتفظ بمنصبه ولقبه كإمبراطور للنمسا. لقد زوت عظمة الهابسبورج وأصبح شارلمان الجديد (المقصود نابليون) يحكم من فرنسا ماداً سلطانه على غرب ألمانيا. وحققت كونفدرالية الراين فوائد حيوية، كما عانت من كوارث لا مفر منها. لقد أدخلت مدونة نابليون القانونية (بما فيها من إلغاء العوائد أو الرسوم