كما كان يحكمهم مارتن، فأقنعوه بأن يوقع مرسوماً Capitula - ومعناها الحرفي عناوين - يعدهم فيه بأن يطلق لهم حرية الكلام ويؤمنهم في مناصبهم، وأن يجعل لهم السيطرة على نصف إيرادهم، وأن يشاورهم في جميع الشؤون الهامة. وأصبحت "هذه الامتيازات" سنة متبعة وسابقة جرى بها العمل في الانتخابات البابوية طوال عصر النهضة. يضاف العمل في الانتخابات البابوية طوال عصر النهضة. يضاف إلى هذا أن يوجنيوس جعل آل كولنا أعداء له أقوياء. فقد أعتقد أن مارتن أقطع هذه الأسرة كثيراً من أملاك الكنيسة، فأمر بأن ترد إليها أجزاء كثيرة من هذه الأملاك، وأمر بتعذيب أمين مارتن السابق تعذيباً كاد يفضي إلى موته لكي ينتزع منه معلومات عن هذا الموضوع. وشن آل كولنا الحرب على البابا، ولكنه هزمهم بقوة الجند الذين أرسلوا إليه من مدينتي فلورنس والبندقية، غير أنه أثار بعمله هذا عداء روما نفسها. واجتمع بمدينة بازل في هذه الأثناء المجلس الذي دعا إليه مارتن، وكان اجتماعه في السنة الأولى من عهد البابا الجديد (١٤٣١)؛ واقترح مرة أخرى تأييد المجالس الكنسية العامة على البابوات. فما كان من يوجنيوس إلا أن أمره بأن ينفض؛ ولكنه لم يطع أمره، وطلب إليه أن يمثل أمامه، وبعث بجند من ميلان يهاجمونه في روما. وانتهز آل كولنا هذه الفرصة ليثأروا لأنفسهم منه، فدبروا ثورة في المدينة، وأقاموا حكومة جمهورية (١٤٣٤)، وفر يوجنيوس في قارب صغير سار به نحو مصب التيبر، بينما كان العامة يرشقونه بالسهام، والحراب، والحجارة (٢١)، واتخذ له ملجأ في فلورنس، ثم في بولونيا، وظل هو وحكومته منفيين عن روما تسع سنين.
وكانت الكثرة الغالبة من المندوبين الذين حضروا مجلس بازل من الفرنسيين. وكان غرضهم، كما قال أسقف تور في صراحة، "إما أن ينتزعوا الكرسي الرسولي من الإيطاليين، وإما أن يجردوه من سلطانه بحيث لا يهمهم بعدئذ أين يكون مقره". وعملاً بهذه القاعدة استولى المجلس على