بعد الأخرى؛ وأثبت اتحاد الكنيسة مع الملكية، بقرارات الحرمان والجيوش الملكية، بأنه أقوى من أن تقاومه مدينة أو ولاية بمفردها. وحددت في بلنسية وحدها عام ١٤٨٨ تسعمائة وثلاثة وثمانون حكماً بالهرطقة وأحرق مائة رجل.
فكيف نظر الباباوات إلى اصطناع محاكم التفتيش كأداة من أدوات الدولة ليس من شك في أن عدداً من البابوات قد حاولوا أن يوقفوا مثل هذا الإفراط وأن يبسطوا حمايتهم على ضحايا التفتيش بين حين وآخر، منكرين هذا التحكم المدني؛ ومدفوعين في الغالب بالعواطف الإنسانية مع إدراكهم للمصاريف الباهظة التي تدفع للتصديق على أحكام محكمة التفتيش. فقد أصدر البابا سكستوس الرابع عام ١٤٨٢ منشوراً بابوياً لو نفذ لوضع حداً لمحكمة التفتيش في أراجون؛ وشكا فيه من أن المفتشين يبدون طمعاً في الحصول على الذهب أكبر من الإخلاص للدين، وأنهم سجنوا وعذبوا وأحرقوا مسيحيين مؤمنين بشهادة مريبة من أعدائهم وعبيدهم وأمر بأن على المفتش في المستقبل ألا يباشر مهمته إلا بحضور بعض ممثلي الأسقف المحلي والحصول على موافقتهم؛ وأن يعلن المتهمون بأسماء الذين اتهموهم واتهاماتهم ولا يبيت المسجونون إلا في سجون الكنيسة؛ وأن يسمح للشاكين في الظلم الواقع عليهم أن يقدموا ظلاماتهم إلى السدة الأسقفية المقدسة، وأن يؤجل كل تصرف في القضية حتى يحكم في الاستئناف، وأن يحصل جميع المتهمين بالهرطقة، على حكم البراءة إذا اعترفوا وتابوا؛ وبذلك يصبحون في حل من المحاكمة والاضطهاد بسبب هذه التهمة. وكل الإجراءات السابقة المناقضة لهذا المرسوم تعد باطلة وملغاة، وكل من يخرج على هذه القواعد في المستقبل يكون عرضة للحرمان من غفران الكنيسة. لقد كان مرسوما متنوراً وأحكامه توحى بصدقة ومع ذلك فيجب أن نلاحظ اقتصاره على أراجون التي أنفق المتنصرون فيها بسخاء في سبيل الحصول عليه. ولما رفضه فرديناند