الجموع تهددها بأقذع العبارات. وفي ١٧ يونية، رغم احتجاجاتها واعتراضاتها الشديدة نقلت إلى سجن سحيق وأكثر أمناً، في جزيرة في بحيرة لوك ليفن، على بعد نحو ثلاثين ميلاً إلى الشمال من العاصمة. وهناك طبقاً لما رواه سكرتيرها كلود وضعت توأمين قبل الأوان (٤٤). وأرسلت متلمساً إلى الحكومة الفرنسية ولكنها رفضت التدخل، وأصدرت إليزابث تعليمات إلى مبعوثها بالوعد بحماية ماري، وتهديد النبلاء بأشد العقاب إذا مسوا الملكة بأي أذى، ودعا نوكس إلى إعدام ماري، وأنذر بأن الله سوف يرسل إلى إسكتلندة بطاعون فظيع إذا أبقت على حياة ماري (٤٥). وفي يونية أعاد اللوردات "رسائل الصندوق الفضي"، وتوسلت ماري إلى البرلمان أن يستمع إليها، (إلى ماري)، ولكنه رفض على أساس أن الرسائل أوضحت قضيتها بما فيه الكفاية. وفي ٢٤ يولية وقعت وثيقة تخليها عن العرش، وعين موري وصياً على ابنها.
وبقيت لنحو أحد عشر شهراً أسيرة في قصر لوك ليفن، وخففت قيود السجن تدريجياً فتناولت الطعام مع أسرة وليم دوجلاس صاحب القصر، ووقع أخوه الأصغر جورج في غرامها، وساعدها على الهرب (٢٥ مارس ١٥٦٨) واعتقلت، ولكنها في ٢ مايو عاودت المحاولة وأفلحت. ووصلت تحت حماية دوجلاس الصغير، إلى داخل البلاد حيث التقت بجماعة من الكاثوليك، وركبت في ظلام الليل إلى لسان فورث، وعبرته، وآوت إلى بيت آل هملتون، وهناك في بحر خمسة أيام، تجمع ستة آلاف رجل، وأقسموا أن يعيدوها إلى العرش، ولكن موري دعا البروتستانت في إسكتلندة إلى حمل السلاح. والتقى الجمعان في لانجسيد بالقرب من جلاسجو (١٣ مايو)، ودحر جيش ماري السيئ التنظيم. وهربت مرة أخرى، وجدت السير على ظهر جوادها في تهور، ثلاث ليال سوياً، إلى دندرينان أبى على خليج سولوراي. وآنذاك أعادت إلى مانحها، الماسة التي كانت إليزابث يوماً قد أهدتها إلى "أختها العزيزة"، مع رسالة تقول "إني أعيد تلك الجوهرة إلى ملكتها، وكانت رمزاً لصداقة ومعونة موعودتين (٤٦) ". وفي ١٦ مايو ١٥٦٨ عبرت خليج