أحوالها تحت وطأة محاكم التفتيش، في الوقت الذي أسست فيه عدة جامعات أسبانية في مستعمرات أسبانيا في أمريكا-في ليا ١٥٥١، في مدينة المكسيك ١٥٥٣، أي قبل افتتاح كلية هارفرد (١٦٣٦) بزمن طويل. وافتتح الهولنديون الموسرون ست جامعات في تلك الحقبة. وعندما نجحت ليدن في مقاومة الحصار الأسباني (١٥٧٤)، وجهت الجمعية العمومية للمقاطعات المتحدة الدعوة لأهالي البلدة، ليدن، ليروا رأيهم فيما يمكن أن يكافئوا به، فطالبوا بإنشاء جامعة، وكان لهم ما أرادوا. وكانت السلطة الدينية تسيطر على أمور التعليم في الأقطار الكاثوليكية والكلفنية. وفي إنجلترا والبلاد اللوثرية كان رجال الدين يديرون معظم التعليم تحت إشراف الدولة. وفي كل الجامعات تقريباً، باستثناء بادوا، كان مطلوباً من المعلمين والطلبة أن يعتنقوا المذهب الرسمي، وكانت الدولة والكنيسة كلتاهما تحد من الحرية الجامعية بدرجة كبيرة. وقضت الخلافات الدينية على الصبغة العلمية للجامعات، فانحصر الطلبة الأسبان في أسبانيا، ولم يعد الطلبة الإنجليز يلتحقون بجامعة باريس. وظلت أكسفورد حتى ١٨٧١ تفرض على طالب الدرجة الجامعية، الموافقة على مواد الكنيسة الرسمية التسع والثلاثين. ومال الفكر الأصيل الخلاق إلى الاختفاء من الجامعات، والتمس ملجأ في الأكاديميات الخاصة والدراسات غير النظامية أو غير النمطية.
وهكذا قامت في هذا العصر أكاديميات خاصة، لا رقيب عليها، للدراسة والبحث، وخاصة في مجال العلوم. وفي روما، في ١٦٠٣ أسس فدريجوسيزي، مركيز مونتبلو "أكاديمية ذوي البصر الحاد" التي التحق بها جاليليو ١٦١١، وحدد دستورها هدفها:
إن جامعة ذوي البصر الحاد تتطلب من أعضائها الفلاسفة أن يكونوا تواقين إلى المعرفة الحقة، وأن ينصرفوا بكليتهم إلى دراسة الطبيعة، وبخاصة الرياضيات، ولن تهمل في الوقت