بالرزانة والحصافة، لتعلموا ويلاحظوا، "أو" يلتحقون بالبحرية بعض الوقت ليتعلموا الملاحة ومصارعة البحر، وأخيراً وبعد بلوغهم سن الثالثة والعشرين، يمكنهم أن يسيحوا خارج إنجلترا. وهذا برنامج شاق، ليس لدينا دليل على تطبيقه تطبيقاً كاملاً في مدرسة ملتون، وربما كان في حيز الإمكان تطبيقه أو أن التلاميذ اقتبسوا من معلمهم شيئاً من غيرته وجده.
وراوده أحياناً حلم إنشاء أكاديمية تنافس أكاديمية أفلاطون وأرسطو. ولكنه افتتن بأحداث العصر البارزة والشغل بها. من ذلك أن التئام البرلمان الطويل (١٦٤٠) كان نقطة تحول في حياته، بل يكاد يكون تحولاً عنيفاً غير طبيعي عن الشعر والتعليم إلى السياسة والإصلاح. وفي ١١ ديسمبر قدم حزب "الجذر والفرع" البيوريتاني الذي انتسب إليه بعض أصدقائه قدم إلى البرلمان عريضة صارخة ممهورة بخمسة عشر ألف توقيع (يحتمل أن يكون من بينهم ملتون) يلتمسون فيها إقصاء الأساقفة عن الكنيسة الإنجليزية. ورد جوزيف هول أسقف أكستر على العريضة "باحتجاج متواضع إلى المحكمة العليا في البرلمان"(يناير ١٦٤١)، دافع فيه عن النظام الأسقفي بأنه مأخوذ عن "عصر الرسل الأبرار بلا انقطاع … حتى العصر الحاضر (٣٨) " فاستل خمسة من الكهنة المشيخيين أقلامهم في "الرد على الاحتجاج المتواضع"(مارس ١٦٤١) وقعوه باسم مستعار مكون من الأحرف الأولى من أسمائهم (١). ورد الأسقف هول وبعض الأسقفيين الآخرين، وأقر مجلس العموم الاقتراح، ورفضه اللوردات. واشتد الجدل على المنبر وفي الصحب وفي البرلمان، وانضم ملتون إلى المعمعة بكتيب من تسعين صحيفة "إصلاح يمس نظام الكنيسة في إنجلترا (بونيه ١٦٤١).
وفي عبارات قوية لاهثة، استوعب بعضها نصف صفحة، عزا ملتون تدهور الكنيسة الرسمية إلى سببين: الإبقاء على الطقوس الكاثوليكية،