وفي اجتماع أساقفة فرنسا ١٧٥٨ قدموا إلى الملك منحة اختبارية كبيرة بشكل غير عادي، وتقدموا إليه برجاء إلغاء "الترخيص الضمني" الذي يجيز نشر الموسوعة في فرنسا. وفي ١٧٦٨ شرع أبراهام دي شوميكس في إصدار سلسلة من النشرات تحت عنوان "أحكام شرعية ضد الموسوعة" وأثار نشر كتاب هلفشيوس "أسس الروح"(٢٧ يوليو ١٧٥٨) مزيداً من الاحتجاجات، وتورطت الموسوعة في هذه العاصفة حيث انتشرت الشائعات القوية بأن ديدرو تربطه بهلفشيوس علاقات وثيقة. وزاد الطين بلة أن روسو الذي كان يكتب للموسوعة مقالات في الموسيقى، رفض أن يسهم في التحرير الآن. وروجت رسالته إلى دالمبير عن العروض المسرحية نبأ انشقاقه على الفلاسفة. وبدأ أن معسكر الموسوعيين قد تمزق. وفي ٢٣ يناير ١٧٥٩ حذر وكيل الملك أمير دي فليري برلمان باريس من أن هناك مشروعاً أعد وجماعة تكونت لنشر المذهب المادي، والقضاء على الدين ونشر روح الاستقلال، والعمل على إفساد الأخلاق (٤٦) وأخيراً في ٨ مارس، صدر من مجلس الدولة أمر بتحريم الموسوعة تحريماً تاماً، فلا يطبع أي مجلد جديد، ويمنع بيع أو تداول المجلدات الموجودة. وأوضح القرار أن الفوائد التي تجنى من هذا العمل من حيث تقدم الفنون والعلوم لا يمكن بحال من الأحوال أن تعوض عن الأضرار البالغة المتعذر إصلاحها التي تنشأ بالنسبة للعقيدة الدينية والأخلاق (٤٧).
ولم يتهدد هذا المرسوم سلامة أشخاص الفلاسفة فحسب، بل تهدد كذلك قدرة الناشرين على الوفاء بديونهم. وكان كثير من المشتركين قد دفعوا قيمة اشتراكهم في المجلدات التالية، فكيف يتيسر رد ما دفع مقدماً؟ فمعظم هذه الأموال أنفق على المجلدات السبعة الأولى، وعلى الإعداد لإخراج المجلد الثامن الذي كان معداً للتوزيع حيث صدر المرسوم الملكي. وحرض ديدرو الناشرين على ألا يستسلموا، لعل هذا المرسوم يجري أيضاً تعديله أو العدول عنه في الوقت المناسب، وإلا طبعت المجلدات الباقية في الخارج.