وقرر أن يزور ألمانيا (١٧٦٨) ربما مؤملاً أن يحصل فيها على مورد يمكنه من رؤية بلاد اليونان. ولكن استغراقه الشديد في الفن الكلاسيكي وأساليب الحياة الإيطالية أفقده اللذة في وجوده بأرض الوطن، فتجاهل مناظرها الطبيعية وساءه معمارها وزخارفها الباروكية. وكان يردد مائة مرة لرفيق رحلته (٦٩)، "لنعد إلى روما" وقد احتفى به القوم في ميونخ، وأهدوه جوهرة أثرية رائعة. وفي فيينا أعطته ماريا تريزا مداليات غالية، ودعته الإمبراطورة والأمير فون كاونتز للإقامة هناك، ولكنه ما لبث أن قفل إلى إيطاليا في ١٨ مايو وهو لم يكد يغيب عنها شهراً واحداً.
وفي تريستا تعطل انتظاراً لسفينة يستقلها إلى أنكونا. وأثناء أيام الانتظار هذه تعرف إلى مسافر آخر يدعى فرانشيسكون أركانجيلي. وكانا يتمشيان معاً ويشغلان حجرتين متجاورتين في الفندق. وسرعان ما أراه فنكلمان الميداليات التي تلقاها في فيينا. على أنه-على قدر علمنا-لم يريه كيسه المملوء بالذهب. وفي صبيحة ٨ يونيو ١٧٦٨ دخل أركانجيلي حجرة فنكلمان، ووجده جالساً إلى منضدة، فألقى أنشوطة حول عنقه، ونهض فنكلمان واشتبك معه، فطعنه أركانجيلي خمس مرات وفر هارباً. وضمد طبيب جروحه ولكنه قال أنها مميتة. وتناول فنكلمان الأسرار المقدسة، وأملى وصيته، وأعرب عن الرغبة في أن يرى مهاجمه ويصفح عنه، ثم لفظ أنفاسه الأخيرة في الرابعة بعد الظهر. وقد خلدت تريستا ذكراه بتماثل جميل.
وقبض على أركانجيلي في ١٤ يونيو. فاعترف بجريمته، وفي ١٨ يونيو صدر عليه هذا الحكم:"عقاباً على جريمة القتل التي اقترفتها على جسد يوهان فنكلمان .. قضت محكمة الجنايات الإمبراطورية بأن … تحطم حياً على دولاب التعليم، من رأسك إلى قدميك حتى تفارق روحك بدنك" وكذلك صنع به في ٢٠ يوليو.
كانت عيوب فنكلمان وثيقة الصلة بالجغرافيا. فلأنه لم يحقق قط أمله في زيارة اليونان في ظروف كانت ستتيح له الدرس المستفيض للآثار القديمة،