الكثلكة في غيبته إلى المذهب البروتستنتي، وكان رد الفعل من جانب ماريا تريزا-أو مجلس الدولة-على هذه الكارثة اتخاذ إجراءات تذكرنا بغارات الفرسان على بيوت الهجونوت أيام لويس الرابع عشر. فقبض على زعماء الحركة وشتتت اجتماعات البروتستنت وجند المتحولون العنيدون في الجيش وفرضت عليهم الأشغال الشاقة وأرسلت نساؤهم إلى الملاجئ. فلما عاد يوزف إلى فيينا قال لأمه محتجاً "أن السبيل لإعادة هؤلاء الناس إلى الكثلكة أن تجعلي منهم جنوداً أو ترسليهم إلى المناجم أو تستخدميهم في الأشغال العامة … يجب أن أعلن صراحة … أن المسئول عن هذا الأمر، أيا كان، هو أحقر خدامك، وهو لا يستحق مني غير الازدراء، لأنه أحمق وقصير النظر (٥٣) ". وأجابت الإمبراطورة بأنها ليست مصدرة هذه المراسيم بل مجلس الدولة، ولكنها لم تسحبها. وجاء وفد من المورافيين البروتستنت لمقابلة يوزف، فأمرت ماريا تريزا بالقبض على أفراده. وكانت الأزمة بين الأم وولدها تسير إلى طريق مسدود حتى أقنعها كاونتز بسحب المراسيم. فأوقفت الاضطهادات، وسمح لمعتنقي البروتستنتية بممارسة عبادته الجديدة شريطة أن يكون ذلك في هدوء ببيوتهم. وتوقف صراع الجيلين برهة.
ثم استؤنفت لما مات مكسمليان يوزف ناخب بافاريا في ٣٠ ديسمبر ١٧٧٧ دون أن يعقب بعد حكم طويل رخي. وفي الصراع على وراثة دولته أيد يوزف الثاني ناخب بالاتين شارل (كارل) تيودور شريطة أن ينزل للنمسا عن جزء من بافاريا، وأيد فردريك الأكبر شارل دوق تزافا يبروكن، وأعلن أنه سيقاوم أي محاولة من النمسا لتملك أرض بافارية. وحذرت الإمبراطورة ولدها من تحدي ملك بروسيا الذي لم يزل منيعاً لم يقهر بعد. ولكن يوزف تجاهل نصيحتها، وأيده كاونتز، وجردت قوة نمساوية على بافاريا. وأمر فردريك جيشه بدخول بوهيميا والاستيلاء على براغ ما لم يجل النمساويون عن بافاريا. وقاد يوزف جيشه الرئيسي ليدافع عن براغ، واقترب الجيشان العدوان، ولاح أن حرباً نمساوية بروسية أخرى وشيكة على سفك