في الخامسة عشرة من عمرها، وابن مات في مرحلة الطفولة، وابن ثان مات في سنة ١٧٨٩، وطفل ثالث هو لويس - تشارلز هو الآن في الثامنة من عمره واعتبر هو لويس السابع عشر، وكانت ابنة الملكة وأخت زوجها (إليزابيث) تعاوناها في العناية بالطفل الذي راحت تنظر إليه بقلق ومن ثم بيأس لتدهور صحته وحالته المعنوية، بسبب طول فترة احتجازه. وفي مارس سنة ١٧٩٣ عرضت عليها خطة للهروب لكنها رفضت لأن الخطة تتطلب ترك أطفالها. وعندما علمت الحكومة بهذه الخطة التي لم تنفذ نقلت ابن الملكة ونزعته منها رغم مقاومتها وأبعدته عن أقربائه، وفي أغسطس سنة ١٧٩٣ - بعد عام من السجن في سجن التمبل Temple تم نقل الملكة وابنتها وأخت زوجها إلى غرفة في مسكن البواب (الكونسيرجيري Conciergerie) ذلك القسم من قصر العدل الذين كان يشغله قبل ذلك مشرف المبنى. وهناك راحوا يعاملون هذه الأرملة Widow Capet - كما كانوا يسمونها - برقة أفضل من ذي قبل بل إنهم أرسلوا لها قسا ليرتل القداس في زنزانتها. وفي آخر هذا الشهر وافقت على محاولة أخرى لتهريبها، وفشلت المحاولة فنقلوها إلى غرفة أخرى ووضعوها تحت مراقبة وحراسة مشددتين.
وفي ٢ سبتمبر اجتمعت اللجنة لتقرير مصيرها، وكان بعض الأعضاء إلى جانب الاحتفاظ بحياتها للمساومة عليها مع النمسا مقابل سلام مقبول، أما بارير Barere وسان أندرية Saint-Andre فدعوا إلى إعدامها لأن هذا وسيلة لتوحيد الموقعين على الحكم وربطهم بميثاق الدم. أما هيبير Hebert عضو الكومون، فقال للجنة "الإثني عشر": "إنني باسمكم وعدت العامة (السانس كولوت) برأس مارى أنطوانيت، وهم (العامة) غاضبون ساخطون يطالبون بها، وأنتم لا تستطيعون الاحتفاظ بمقاعدكم بل ووجودكم دون دعم منهم .. إنني سأذهب وأقطع رأسها بنفسي إذا كان علي أن انتظر كثيرا لتسلّم هذا الرأس".
وفي ١٢ أكتوبر جرى تحقيق مبدئي مطول مع الملكة، وفي ١٤ و ١٥ أكتوبر حوكمت أمام المحكمة الثورية، وكان المدعي العام هو فوكييه - تينفيل Fouquier-Tinville، وظلت الأسئلة توجه لها من الساعة الثامنة صباحا حتى الرابعة، ومن الساعة الخامسة حتى الحادية