وانقض الفرسان المماليك سراعا على الجيش الفرنسي من الأمام ومن ناحية الجناحين فلم يكن لهجومهم نتيجة سوى أنهم سقطوا بقذائف مدافع الفرنسيين وبنادقهم، ففروا هاربين وقد جرحوا في أبدانهم وكرامتهم.
وفي ٢٠ يوليو وكان لا زال باقيا على القاهرة مسافة ثمانية عشر ميلا شاهد المنتصرون الهرم. وفي مساء هذا اليوم علم نابليون أن جيشا من ستة آلاف مملوك بقيادة ثلاثة وعشرين بك من البكوات حكام الأقاليم - قد تجمع في إمبابه، وأن هذا الجيش قد اتخذ أهبته لمواجهة الغزاة الكفار. وبعد ظهيرة اليوم التالي انقضوا بكل قواتهم على الفرنسيين في معركة حاسمة عرفت بمعركة الأهرام. وهناك قال لجنوده (إن كان لنا أن نثق في ذاكرة نابليون):
"إن أربعين قرنا تتطلع إليكم" ومرة أخرى واجه الفرنسيون هذا الهجوم بطلقات المدافع والبنادق والحراب المثبته فقتل سبعون فرنسيا وألفٌ وخمسمائة مملوك، وغرق كثيرون منهم في النيل في أثناء هروبهم الطائش. وفي ٢٢ يوليو أرسلت السلطات التركية (العثمانية) في القاهرة مفاتيح المدينة إلى نابليون مما يعني الاستسلام. وفي ٢٣ يوليو دخل نابليون المدينة البهية من غير أن يواجه مقاومة.
ومن القاهرة أصدر أوامره بأن تدار أمور مصر عن طريق دواوين عربية (لجان) تابعة لسيطرته. ومنع جنوده من السلب والنهب وحمى حقوق الملكية الموجودة لكنه استمر في تحصيل الضرائب التي فرضها المماليك الغزاة على أهل البلاد لتمويل جيشه، وجلس مع الزعماء المحليين واعترف باحترامه للشعائر الإسلامية وإعجابه بالفن الإسلامي، وشهد ألا إله إلا الله، وطلب مساعدة المسلمين له ليعم الرخاء والازدهار مصر. وعقد اجتماعا مع علماء الحملة لوضع الخطط للقضاء على الطاعون وإدخال صناعات جديدة وتطوير نظم التعليم المصري وتحسين القوانين المعمول بها، وإنشاء خدمات بريدية ونظام مواصلات، وإصلاح الترع وضبط الري وربط النيل بالبحر الأحمر.
وفي يوليو سنة ١٧٩٩ نظم المعهد العلمي المصري من علماء مصر وعلماء الحملة، وكان العلماء هم الذين أعدوا الأربعة والعشرين مجلداً الضخام التي مولتها ونشرتها الحكومة الفرنسية بعنوان وصف مصر