ليلة ٣١ يوليو ١٧٩٨ أصدر أوامره لضباطه بتجهيز كل السفن الخوض معركة عند الفجر. لقد قال لهم "في هذا الوقت غدا سأحصل على مرتبة النبالة أو أضمن مكانا في مقابر كنيسة ويستمنستر"(١٣) وفي أثناء المعركة تقدم الصفوف كالعادة فأصابته طلقة في جبهته فحمل إلى الأسفل على أساس أنه سيموت ولكن الجرح كان سطحيا، وأعيد نلسون معصوب الرأس إلى سطح السفينة وظل في مكانه حتى اكتمل النصر البريطاني.
واستطاع بت في ظل هذه الظروف التي بدت فيها بريطانيا محجوزة محصورة أن يكون التحالف الثاني ضد فرنسا من روسيا وتركيا والبرتغال ونابلي وكانت ملكة نابلي ماريا كارولينا أخت ماري أنطوانت التي أعدمتها الثورة الفرنسية بالمقصلة، سعيدة لرؤية مملكتها الممزقة وقد وقفت جميعا إلى جانب الهبسبرج والكنيسة الكاثوليكية فانضمت لمليكها الضعيف فردناند الرابع للترحيب بأسطول نلسون المنتصر - رغم ما أصابه من دمار - الذي رسا في في ميناء نابلي في ٢٢ سبتمبر ١٧٩٨، وعندما رأت الليدي هاملتون الأدميرال الجريح اندفعت إليه تحييه وتأثرت كثيرا لما أصابه، واصطحبته هي وزوجها إلى مقرهما (the Palazzo Sassa) وبذلا كل ما أمكنهما لراحته. ولم تحاول إما Emma حجب فتنتها فوقع البطل الظامئ أسيرا لابتساماتها ورعايتها له. لقد كان في الأربعين من عمره وكانت هي في السابعة والثلاثين ولم تكن جذابة بالقدر نفسه الذي كانت عليه من قبل لكنها كانت قريبة المنال وراحت ترضي رغبات هذا البريتوني (نلسون) بما اعتبره - بعد خوض المعارك - نبيذ الحياة. والآن فإن السير وليم في الخامسة والثمانين من عمره تتناقص موارده المالية سريعا، وهو منهمك في أمور الفن والسياسة - لذا فقد تقبل الوضع بشكل فلسفي (بمعنى أنه راح يبرره ويقنع نفسه به) وربما شعر في قرارة نفسه بالراحة لتخلصه من أمر لا يقدر عليه. وقبيل ربيع سنة ١٧٩٩ دفع نلسون مبلغًا كبيرا من نفقات إما Emma . وبعد أن دفع الأدميرال البريطاني مبلغا كبيرا للسير وليم وأسبغ عليه الكثير من التشريف وسمح له بفترة من الراحة أمره بالتوجّه لمساعدة أدميرالات آخرين، ولكنه اعتذر على أساس أن الأكثر أهمية من وجهة نظره أن يبقى في نابلي لحمايتها من انتشار الثورة فيها.
وفي وقت متأخر من عام ١٧٩٩ حل آرثر باجت Paget محل هاملتون كوزير بريطاني في