طلحة والزبير من أصحاب الرسول، وطالباهما أيضاً بالخلافة. وخرجت عائشة زوج النبي من المدينة إلى مكة وانضمت إلى الثوار. ولما أعلن مسلمو البصرة انضمامهم للثائرين استنجد عليّ بأهل الكوفة المضرسين بالقتال، ووعدهم أن يتخذها عاصمة الدولة إذا هم لبوا نداءه. فأجابوه دعوته والتقى الجيشان في جنوبي العراق في واقعة الجمل-وسميت كذلك لأن عائشة كانت تحرض الجند على القتال من هودجها على ظهر الجمل. وهُزم طلحة والزبير وقتلا، وردت عائشة إلى بيتها معززة مكرمة، ونقل عليّ العاصمة إلى الكوفة القريبة من موقع بابل القديمة.
وجهز معاوية في دمشق قوة أخرى لقتال عليّ. وكان معاوية خبيراً بشؤون الدنيا غير متزمت في الدين، وكان يرى في الدين بديلاً من الشرطة أقل منها نفقة ولكنه لا يصح أن يكون حائلاً بينه وبين الاستمتاع بطيبات الحياة. وكان من الأغراض التي يبتغيها بمحاربة عليّ أن يعيد إلى الأقلية المصطفاة من قريش السلطة والزعامة اللتين كانتا لها قبل أيام النبي. وأعاد عليَّ تنظيم قواه والتقت بجيش معاوية عند صفين على نهر الفرات (٦٥٧). وكاد النصر يتم لعليّ لولا أن عمرو بن العاص قائد جيش معاوية رفع المصاحف على أسنة الرماح طالباً تحكيم "كتاب الله"، ولعله كان يعني بهذا إتباع الأوامر الواردة في القرآن (الكريم). ورضي عليّ بهذا الطلب إجابة لإلحاح جنوده، واختير الحكمان وحدد لهما ستة أشهر يفصلان خلالها في النزاع ويعود الجنود فيها إلى بيوتهم.
ولكن بعض رجال عليّ خرجوا عليه في ذلك الوقت، وألفوا منهم جيشاً مستقلاً وسموا بالخوارج، وقالوا إن الخليفة يجب أن يختاره الشعب وأن يكون من حقه أن يعزله؛ وكان بعضهم فوضويين دينيين يرفضون كل حكومة ما عدا حكومة الله (٩) وكانوا كلهم ينددون بما انغمس فيه حكام الإسلام الجدد من ترف وحب لمتاع الدنيا، وحاول عليّ أن يعيدهم إلى الانضواء تحت لوائه بالحجة والإقناع فلم يفلح، ثم استحالت تقواهم تعصباً، وعبروا عنها بأعمال اتسمت بالعنف